编码变异对银屑病的贡献比想象的小得多
根据安徽医科大学和华大基因领导的一项新研究，免疫疾病相关基因的编码变异在银屑病的总体遗传风险中只占很小的一部分。他们对21309名中国个体的功能性编码变异对银屑病的贡献的调查有力地支持了这一结论。在如此大规模的调查中，研究人员只发现了两个独立的低频变异，对疾病风险有中等影响。这项最新研究发表在自然遗传学．
牛皮癣是一种复杂的、慢性的、终生的皮肤病。它通常首先袭击15到35岁之间的人，但可以影响任何年龄的人，包括儿童。这种可怕的疾病是环境、遗传、免疫等多种因素相互作用的结果。快速、低成本的测序技术使研究人员能够挖掘出大量银屑病的风险相关变异，但功能编码变异，特别是低频和罕见变异，尚未得到系统的研究。
在这项研究中，研究人员采用了两个阶段来识别编码变体。在发现阶段，他们对781名银屑病患者和676名无银屑病患者作为对照组进行了外显子组测序。这些努力获得了518,308个单核苷酸变体(snv)。在这些变异中，20.62%是非同义的，68.13%是罕见的。
考虑到样本量和发现阶段技术的限制，研究人员在9946名银屑病患者和9906名对照组的大样本中使用靶向测序进行了两项独立研究。共捕获了1326个基因(包括133个SNVs, 622个免疫疾病相关基因和一些顶级基因)靶区周围的3.2 Mb编码DNA。共鉴定出82387个非同义snv，其中97.07%为罕见。
通过进一步分析，他们在IL23R和GJB2中发现了两个独立的低频率错义snv，在LCE3D、ERAP1、CARD14和ZNF816A中发现了5个常见的与银屑病相关的全基因组意义的错义snv。FUT2和TARBP1中也观察到罕见的错义snv，提示与本病相关。
除了SNVs分析，研究人员还调查了622个免疫疾病相关基因，结果表明编码变异，至少是常见和低频非同义变异，对银屑病风险的独立贡献有限。综合所有研究结果，该研究表明，1326个靶向基因中的非同义SNVs对银屑病的总体遗传风险的贡献有限。
与以往欧洲人群的研究工作相比，本研究也证明了欧洲和中国人群之间的遗传异质性。GJB2基因的错义型(rs72474224)似乎是中国个体特有的，而IL23R基因的错义型(rs11209026)是欧洲个体特有的。CARD14中另一个常见的错义变体(rs11652075)在欧洲和中国样品中表现一致。
华大基因这项研究的合著者金鑫说:“如此大样本量的目标测序使我们能够研究这些区域的全谱变异。虽然我们没有发现任何具有强遗传效应的低频或罕见编码变异，但这些数据帮助我们改进了几个已知的GWAS位点，并确定了一些候选的偶然变异。罕见编码变异的有限贡献是否也适用于目标以外的其他区域和其他常见疾病，仍有待证明牛皮癣．"
进一步探索
