研究人员使用新一代测序来快速识别病原体

他戏称自己错误猎人,但是他的工作的目标包括病毒只能发现和识别特殊的方法和工具。本杰明房屋,堪萨斯大学研究助理教授在堪萨斯州立大学兽医诊断实验室,最近发表了一篇关于他的一个发现,猪肠道病毒G,这在美国是一个重要的发现。

“我们已经分离出一种病毒在细胞,但不知道它是什么,”房屋说。“我们过去新一代测序识别它,它变成了猪肠道病毒G,之前描述过,但从来没有被发现在北美。”

该病毒被认为是良性的,不引起疾病,但它只在欧洲和亚洲之前被报道。

“幸运的是猪肠道病毒G在猪并不多,但它引发了担忧其他病毒穿过边境,”房屋说。“我们不知道这个已经有一段时间未被发现或最近的一个介绍。巧合的是,该病毒是最接近2012中国分离和检测的同时,一些其它的病毒:猪流行性腹泻病毒和猪deltacoronavirus,两者都是在中国发现的在同一时间框架之前,美国“

猪流行性腹泻病毒和猪deltacoronavirus造成重大经济损失猪生产者在北美和猪产业的影响其他几个方面。房屋已映射这些病毒在堪萨斯州兽医诊断实验室,以确保下一代测序方法的可靠性他用来识别和描述病原体。这项技术很快就会提供实验室。

“作为我们隔离病毒,我们完全可以自己的基因组序列,“房屋说。“我们可以得到很好地理解这些病毒的不同之处。下一代测序我们能够走的更远进行宏基因组测序,我们不分离病毒。相反,我们可以序列中包含的所有DNA样本,其中包括宿主DNA,加上它读取所有的病毒样本。这是一个通用的方法来检测病毒,我们已经适应和应用于兽医诊断。”

房屋最近的工作导致的发现流感病毒在牛。

“猪样本进来,我们认为是流感,但所有其他测试都是消极的,“房屋说。相反,“我们发现这是一个完全新型的流感。后续研究表明,它是广泛的牛,不是猪。现在我们研究协会这一毒株的牛饲养场流感和呼吸道疾病。”

5月加入堪萨斯州立大学之前,房屋是卫氏的纽波特实验室诊断实验室主任,明尼苏达州。他在猪肠道病毒G与理查德·海塞纸,一个诊断病毒学家堪萨斯州兽医诊断实验室,帮助大学招募房屋进一步发展他的下一代测序方法,从识别和描述其他好处的病原体。

“作为一个病毒变异和变化,下一代测序可以用来帮助更新疫苗所以他们仍然有效,“房屋说。“通过这项技术,我们可以构建一个基于数据库收集的病毒,他们来自什么样的临床表现是观察。我们可以挖掘数据集与病原体的疫苗或获得额外的信息。某些疾病如流感变异和变化迅速,并能从人类猪和人类,所以它是重要的动物卫生和人类健康,我们监控,尽可能了解这些病毒。”