人类癌症中第一个非蛋白质编码rna的全面概况

越来越多地了解一个重要，但尚未理解的部分，部分基因组 - “DNA的暗物质” - 从根本上改变了科学家们对疾病研究的研究。人类基因组含有约20,000个蛋白质编码基因 - 少于总计 - 但70％的基因组的蛋白质编码基因占非编码RNA。然而，这些段的系统表征，称为长期非编码RNA（LNCRNA）及其在人类癌症中的改变，仍然缺乏。大多数关于癌症的基因组改变的研究都集中在编码蛋白质的人类基因组的微量部分上。

由宾夕法尼亚大学佩尔布尔曼医学院的研究人员领导的国际团队现在已经改变了所有这一切并发表了本周的调查结果癌细胞．林领导的研究小组,医学博士,副教授哈利字段妇产科,气诉见鬼,医学博士,博士,艾布拉姆森癌症中心主任开采这些RNA序列更充分地识别non-protein-coding段的表达与13个不同类型的癌症。2014年，张首次采用这种方法来识别卵巢癌的靶点。这两项研究都得到了宾夕法尼亚BRCA的Basser中心的支持。

“非编码RNA序列几乎构成了四分之三的人类基因组张说，有很大的需要表征基因组，表观遗传和其他长编码段的改变，“张说。”本研究填补了癌症研究中的这种显着差距。“

该团队在从癌症基因组地图集（​​TCGA）和935型癌细胞系中，在从癌症基因组（TCGA）和935型癌细胞系中，在超过5,000颗肿瘤标本中分析了在转录，基因组和表观遗传水平。他们发现，与蛋白质编码基因相比，LNCRNA改变是高度肿瘤和细胞系特异性。此外，LNCRNA改变通常与直接作用于基因表达的表观遗传调节剂的变化相关。

“我们相信，这个多维分析的结果为研究人员研究lncrna的失调和识别具有诊断和治疗潜力的lncrna提供了丰富的资源，”张说。

该团队还开发了两个基于生物信息的平台来识别癌症相关的lncrna，并探索其生物学功能。一个是一个可搜索的数据库，该数据库将临床信息与lncRNA分子变化结合起来，生成待研究的候选lncRNA的“短名单”。“我们使用的分子图谱数据与TCGA的临床和药物反应注释有关，因为它与CCLE一起，对人类原发肿瘤标本进行了高质量、多水平的分析，并为广泛选择的人类癌症标本提供了详细的临床注释，这是研究癌症细胞系的分子图谱以及它们对药物反应的详细信息的最佳资源，”张解释道。

他们开发的第二种方法 - 预测LNCRNA的生物学功能 - 巩固了一种名为BCAL8的新型致癌LNCRNA。他们发现BCAL8在过度表达时，用于促进控制细胞划分的细胞周期。该研究的这一部分不仅提供了LNCRNA搜索策略的概念证明，而且为其他调查人员寻找兴趣的LNCRNA并调查其功能的可定制数据库。该数据库称为癌症Lncrnome地图集，并由伯纳森癌症中心管理。

“我们的研究提供了令人信服的证据，表明lncrna的失调发生在癌症基因组的多个水平上，而且这些改变是癌症类型特有的，”Zhang总结道。“我们已经为开发基于lncrna的诊断和治疗工具奠定了关键基础癌症以新的方式。我们预计我们的工作将能够实现其他重要的LNCRNA发现。“

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