团队揭示癌症突变难以探测

新的研究表明,当前基因组分析方法系统地检测小姐某种类型的复杂突变在癌症患者的肿瘤。此外,相当比例的这些复杂的突变被发现在著名的癌症基因可能是现有药物的目标,可能扩大癌症患者可能受益的数量。

这项研究中,来自圣路易斯华盛顿大学医学院的,出现在《华尔街日报》12月14日自然医学。

“的想法不是捕捉通道突变患者的肿瘤是毁灭性的,”资深作者李丁说,医学博士,副教授和助理麦克唐纳华盛顿大学基因组研究所的主任。“我们开发了一个软件工具寻找某种类型的遗传错误,一直错过癌症基因组研究。我们确定了大量的此类事件在至关重要的癌症基因。发现此类事件的能力为癌症研究和临床实践是至关重要的。”

基因突变发生在各种各样的方面。也许最简单的改变的一个“字母”的DNA代码。在更复杂的类型的突变是那些涉及删除或插入几个字母。8000例癌症病例在新的研究中,研究人员专注于突变涉及字母被插入的同时,其他信件都删除。

“我们称这种类型的突变一个复杂indel因为插入和删除是发生在同一时间,在同一基因的位置,”丁说。“很难捕捉这样的事件,因为传统的方法是为了抓住一个或另一个,不是这两种类型在相同的时间和地点。”

indels找到复杂,研究人员开发了专门的计算机软件和验证它的准确性在基因组序列,他们故意引入这些复杂的突变。

然后,研究人员观察了癌症基因组已经测序,发现285个复杂indels基因与癌症有关。大约81%的这些复杂indel事件已经错过了第一次使用传统方法分析。另有18%被误判为其他类型的突变。

丁强调发展中特殊工具的重要性indels找到这些复杂,数据显示他们几乎完全未被发现的现有工具和似乎集中在重要的癌症基因通常可以归因于随机的机会。indels时这些信息是特别有价值的基因中发现已经药物设计应对突变的影响。

特别是,研究人员发现复杂indels表皮生长因子受体基因,这是与肺癌。如果找到这样一个indel在这个基因,丁和她的同事建议病人可能受益于一个EFGR抑制剂,如埃罗替尼,无论肿瘤类型。调查人员还发现复杂indels的基因称为工具包,在黑素瘤似乎发挥了作用。分析表明,患者复杂indels工具包将受益于药物伊马替尼等sunitnib和索拉非尼,目标这个基因的突变。

新的软件研究者专门找到开发复杂的indels叫做Pindel-C。它是建立在现有的软件称为Pindel之上,这是该研究的第一作者发表在2009年,凯,博士,遗传学助理教授。两个版本的软件在网上免费下载。