自噬——技术综述
在这篇涉及2450多名作者的全面综述中,所涵盖的主题反映了自噬的专业领域范围,以及必须不可避免地调用自噬的动物、植物和真菌细胞类型的多样性。即使在单个物种或有机体中,自噬的复杂性也可以分为许多类型。
总的来说,自噬意味着“生物上的自我毁灭”;它存在于所有真核生物中,包括单细胞寄生虫、植物、真菌和动物。自噬通常被认为是在饥饿、感染以及癌症和神经退行性疾病等条件下使用的应激反应机制。它对正常发育、肠道功能、伤口愈合和(健康的)衰老也很重要。
在这种情况下,自噬包括细胞内双膜“自噬体”物质的降解。由于核心自噬过程涉及几十种蛋白质,其精确的和环境依赖的调控需要更多的蛋白质和不同的机制。
本指南综述的第三版提供了最佳实践的建议,特别是关于监测和测量自噬,以及诊断/描述正在研究的自噬类型-目前需要多种测定方法,这些方法的适当选择取决于手头的问题。这个新版本的一个主要补充是展示了过去几年开发的计算工具和资源,以帮助自噬研究人员进行数据分析和数据共享。
评论中提到的一个这样的资源是自噬调控网络数据库(1)这为人类自噬研究提供了一个集成的和系统级的来源。
自噬调节网络可用于分析全局或基因特异性研究的自噬。目前,它包含了超过14,000种蛋白质的数据,包括38种核心自噬蛋白和113种预测调控因子。灵活的下载功能允许用户自定义和筛选数据库。
Korcsmaros博士为该研究的最后一章做出了贡献,他说:“我们在一年前发表了自噬调节网络。从那时起,细胞生物学和自噬界开始使用它,提供反馈,并允许在以前不可能的水平上分析自噬相关系统。在这份重要出版物中介绍这一资源(仅在前两天就收到了超过2000次阅读),并将TGAC和IFR列为研究自噬的2135个重点机构,这是对我们工作的极大肯定。我们希望这第三版将为社区提供相关的协议和工具来研究自噬。”
该出版物的标题为:“用于监测的分析的使用和解释指南自噬发表于自噬(2)。
更多信息:1.自噬调控网络-研究自噬机制和调控的系统级生物信息学资源Dénes Türei, László Földvári-Nagy, DávidMódos, János Kubisch, Tamás Kadlecsik, Amanda Demeter, Katalin Lenti, Péter Csermely, Tibor Vellai, Tamás Korcsmáros自噬Vol. 11, Iss. 1, 2015
2.Daniel J. Klionsky等人,自噬卷8,Iss. 4, 201