新工具挖掘全面的序列数据，以与最佳药物匹配癌症

今天发表的科罗拉多癌大学研究美国医学信息学协会杂志（贾米亚）描述了一种解释整个外壳肿瘤测序的原始数据的新工具，然后将癌症独特的遗传学与FDA批准的靶向治疗相匹配。

“整个Exome测序对患者越来越可用工具将帮助他们将测序数据蒸馏到候选基因并将其与疗法联系起来，“Cu Cancer Cents，Cu医学院生物信息学副教授的调查员Aik Choon Tan说，博士学位和纸张高级作者。

称为可操作治疗或撞击的分子谱或撞击的工具从全外壳测序产生的数据开始 - 一串A，T，C和G长数百万个字母。然后影响将此字符串映射到人类基因组上以分区原始数据进入对应于身体大约20,000个基因的段。然后该工具将这些基因的代码与“正常”基因模式进行比较，以发现哪些基因可以指导开发的方式癌症。（在第二步中，影响还计算基因重复的数量，当调整更高或更低时也可以推动癌症的生长。）

“现在我们有一份候选基因列表，”谭说。“下一步是将候选基因与治疗剂联系起来。”

通过挖掘公共可用的数据，包括NCI-Match临床试验和MyCancergenome.org的数据库的影响，发现哪些FDA批准的疗法靶向这些候选基因。

TAN实验室通过输入来自癌症基因组地图集的EGFR-突变的非小细胞肺癌的患者输入全外exome测序数据来测试该工具。果然，影响成功地将基因EGFR鉴定为驾驶突变和推荐的FDA批准的EGFR抑制剂。

与铜的实验室合作癌症中心研究员威廉·a·罗宾逊,医学博士,博士,谭和他的同事们使用的工具从患者回顾性分析一系列exome-sequences诊断出患有黑素瘤,验证工具的能力发现病人的激活突变并对有用的治疗。

“例如，发现患者具有BRAF突变，并进行了患有BRAF改变的药物vemureafenib的临床试验，”Tan说。

药物控制患者的肿瘤。然而，两年后肿瘤复发了。此时，该组重新开始肿瘤，发现除BRAF突变外，患者还开发了NRAS突变。

“随着时间的推移服用肿瘤样本，我们可以看到癌症电池弄清楚如何抗拒，”谭说。

然而，药物也存在以破坏依赖于NRA突变的细胞。Dabrafenib（BRAF）和Trametinib（对于NRAS）的组合控制了患者的黑素瘤另外两年。当癌症复发时，再次使用撞击重新开始和评估。分析显示出损失的基因CDKN2A，一种已知的肿瘤抑制基因在通过复制过程中备受学习到速度的检查单元中。目前，FDA批准的CDK家族的CDK系列没有抑制剂以治疗黑色素瘤。然而，帕尔巴波米利伯最近赢得了FDA批准以治疗乳腺癌的子集。

“我们正试图看出我们是否可以用CDK抑制剂治疗这种黑素瘤。这种药物会克服癌症的抗性对先前的组合吗？”谭说。

冲击工具有四个步骤：1）识别可能的癌症突变;2）确定可能的癌症导致基因拷贝数改变;3）匹配癌症的遗传原因，具有最可能的治疗管道;4）评估癌症的持续演变，继续与新兴原因进行控制。

“我们希望影响成为一个重要的工具，以赋予精密医学的转变，”谭说。

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