急性淋巴细胞白血病亚型发现的基因特征

一个国际研究小组的研究人员圣裘德儿童研究医院——华盛顿大学的儿科癌症基因组项目(PCGP)和儿童肿瘤协会(齿轮)已确定的基因改变,支撑一个亚型中发现的最常见的癌症儿童。这种形式的B-precursor急性淋巴细胞白血病(b)特性两个转录因子基因变化被称为DUX4 ERG、蛋白质紧密控制活动的其他关键基因在人类血液细胞。研究结果今天在线发表在《华尔街日报》自然遗传学。

白血病是最常见的一种儿童癌症和所有占大约30%的儿童癌症。前体b细胞急性淋巴细胞白血病反过来(b)是最常见的(约80%)。在B,不成熟的白细胞被称为B淋巴母细胞增殖和积累迅速在血液和骨髓。

“我们的工作是出于信息的缺乏许多b遗传基础的情况下,“说通讯作者查尔斯•Mullighan M.B.B.S.,医学博士圣裘德病理部门的成员,不过该研究的通讯作者。“我们发现了一个不同的血液样本中基因模式的一些病人在我们的研究中,想确定这个信号背后的潜在分子事件。”

研究人员研究了1913名患者b来理解这个亚型b的遗传基础。这组病人包括儿童、青少年和年轻的成年人。这些b微阵列和转录组测序发现,7.6%的患者的独特基因档案,科学家们希望进一步描述。

科学家们发现了一个独特的机制如何转录因子导致白血病的发展。“我们的工作显示,在这种类型的b有一系列分子事件,包括两个转录因子的相互作用,”Mullighan说。转录因子是蛋白质绑定到特定DNA序列和规范的表达遗传信息从DNA到信使RNA。芯片测序方法允许研究人员分析蛋白质与DNA相互作用,至关重要,露出两个转录因子之间的联系。测序研究识别转录因子基因的重排DUX4在所有情况下的亚型,导致高层DUX4的表情。DUX4显示绑定到该基因的转录因子尔格,导致管制ERG的表情。放松管制的ERG妥协ERG通过删除的功能基因的一部分,或另一种形式的ERG的表达(ERGalt)。在这两种情况下,损失的观察活动ERG转录因子导致白血病的发展。

”之间的联系的发现DUX4融合和集成所需的异常ERG同种型全基因组测序,RNA-seq使用小说和ChIP-seq数据计算方法,我们开发了“景汇张说,博士,椅子的圣裘德计算生物学和该论文的第一作者。的基因组景观亚型b也可以可视化使用ProteinPaint (pecan.stjude.org),一个强大的交互式工具开发的圣裘德检查儿科癌症突变和基因表达。

作者李丁博士,助理主任麦克唐奈基因组研究所和计算生物学主任分部的肿瘤在圣路易斯的华盛顿大学医学院,指出:“我们的数据显示,基因重排DUX4存在在所有情况下患者不同的基因表达谱,在我们的研究中被发现。DUX4是一个克隆的基因重排事件获得早期发展的白血病。”

“这些发现解释遗传缺陷,构成一个相对常见的b的子集,并不完全理解,直到DUX4异常被发现。这些结果强调,仍有更多的了解了基因变化,这些知识可以帮助改进治疗患者,”合著者斯蒂芬说饥饿,医学博士部门的首席在费城儿童医院的肿瘤。

研究人员希望,这些关系的识别转录因子将会导致新的病人诊断测试。DUX4 / ERG与有利的结果,即使其他有害的基因突变。在这个时间点上,只有转录组、基因组测序有助于识别DUX4重组。科学家们注意到,其他的检测方法,例如荧光杂交或目视检查在显微镜下的染色体核型分析,不足以识别DUX4基因变化。