2016年11月17日

大规模的癌症基因分析是可行的，但面临障碍

领导同类基因组肿瘤分析工作的研究人员表示，这种研究在技术上是可行的，适用于患有许多不同类型癌症的成人和儿童患者的广泛人群，一些患者可以通过接受针对其肿瘤突变的精准药物或参加临床试验而受益。

在线发布:江森自控的洞察力根据作者的说法，这是第一份“在企业范围内，未选择的癌症患者群体中临床实施肿瘤分析”的报告。该报告包含3727名患者的数据，这些患者的样本在丹娜-法伯/布里格姆妇女癌症中心和波士顿儿童医院的档案项目的第一年进行了分析。不像其他大多数基因测试在该项目中，无论年龄、癌症类型或癌症阶段，都可以对所有患者进行肿瘤分析。

虽然确定患者肿瘤的基因组成是精准癌症医学的关键工具，但该报告的作者指出了这些方法在大规模临床应用中的几个挑战和未解的问题。在这项研究中，由于各种技术和后勤因素，只有超过一半的患者在医生的同意下接受了肿瘤分析，实际上得到了结果。例如，患者的癌症样本可能没有足够的材料用于研究或DNA测序。

研究人员估计，只有少数病例(整个队列中约10%)将检测信息用于患者的护理，尽管在某些癌症类型中，基因组结果的使用比例要高得多。流失率的原因包括缺乏有效药物、患者病程中基因组检测的时机、获得靶向药物的途径不够理想或临床试验，以及患者和提供者的偏好。作者说，确定这些障碍使研究人员能够开发和实施新的解决方案，目标是提高基因组结果的使用率。

总的来说，从收到样本到发布研究结果报告的周转时间为5.3周——研究人员说，他们已经将这个时间跨度缩短到不到3周。

肿瘤基因分型始于2011年，它使用一个名为OncoPanel的平台，对患者样本中数百个已知的癌症相关基因进行全面测序，以寻找导致肿瘤的突变或其他基因改变，这可能是“可行的”——也就是说，它可能有助于指导精确治疗方法的选择或让患者参加适当的临床药物试验。虽然本文报道了3727例病例，但迄今为止已经分析了超过15,000个肿瘤个体。

“广泛的基因组分析计划是昂贵的，这一成本已经由我们的机构承担，”丹娜-法伯癌症研究所和布里格姆妇女医院(BWH)的劳拉·麦康纳尔博士说，她是分析计划的科学主任和该出版物的通讯作者。该报告的第一作者是BWH的医学博士Lynette M. Sholl。

MacConaill指出，Profile基因组检测的结果正被用于机构内部的进一步研究，并与美国癌症研究协会(AACR)的Project GENIE等项目更广泛地共享，这将有助于推进精准医疗领域的发展。

报告称，这项研究的目的不是衡量肿瘤分析是否会对患者的病情产生影响，但“它为更系统地研究基因组学对临床实践和患者结果的影响奠定了基础”。

根据该报告，在大约三分之二的患者样本中至少发现了一种可操作的突变。在20%的病例中，这种突变可以为治疗决策提供信息，例如将患者的肿瘤特征与靶向药物匹配，或改善原始诊断。在其余的病例中，这些信息可能会导致将患者转到已批准或正在研究的药物的临床试验。

肿瘤分析还可以揭示罕见的突变和其他变化，这些突变和变化使某些癌症对靶向药物产生异常反应——这些知识可以应用于各种癌症类型的患者。

该报告举了一些例子，说明基因组检测如何澄清或改变患者的诊断，从而改变治疗和预后。

一名血癌患者接受了多次诊断，通过测试发现，他患有一种不寻常的急性髓系白血病(AML)，这可以预测伊马替尼对他的反应。他接受了这种药物的治疗，并经历了“戏剧性和持续的临床反应”。
检测显示ALK基因重排时，一个病人的子宫平滑肌肉瘤的样本被分析。虽然她不需要进一步的治疗，但如果需要的话，医生将准备给她一种ALK抑制剂药物。
一例患者的未分化小肠肉瘤被发现含有KIT基因缺失，导致GIST的修正诊断(胃肠间质瘤)用伊马替尼治疗成功。