计算机程序开发血液样本的癌症诊断和定位

美国的研究人员已经开发出一种计算机程序,可以同时检测癌症和识别体内癌细胞所在,从病人的血液样本。描述的计划是本周发表在开放获取期刊的研究基因组生物学。

茉莉花周教授,该研究的加州大学洛杉矶,说:“非侵入性诊断的癌症是很重要的,因为它允许癌症的早期诊断,早期癌症是抓住,机会越高的病人战胜疾病。我们已经开发出一种计算机驱动测试能够检测癌症,同时确定癌症的类型,从单一血液样本。技术正处于起步阶段,需要进一步验证,但潜在的好处病人是巨大的。”

的程序作品通过寻找特定的癌症DNA分子模式在病人的自由流动血和比较肿瘤表观遗传学的对数据库模式,从不同的癌症类型,由作者整理。肿瘤细胞的DNA被血液中的最终在癌症的早期阶段提供了一个独特的目标疾病的早期检测。

周教授解释说:“我们建立了一个数据库的表观遗传标记,特别是甲基化模式,这是常见的在许多特定类型的癌症和癌症来自特定的组织,如肺和肝脏。我们还编译相同的“分子足迹”发生样品我们有一个基线足迹比较癌症样本。这些标记可以用来deconvolute DNA发现血液中的自由进入肿瘤DNA和肿瘤DNA。”

在这项研究中,新的计算机程序和另外两个方法(称为随机森林和支持向量机)进行了血液样本来自29个肝癌患者,12肺癌患者和5乳腺癌患者。测试在每10倍样本验证结果。随机森林和支持向量机方法有一个总体错误率(机会测试产生假阳性)分别为0.646和0.604,而新项目获得较低的出错率为0.265。

25的29肝癌患者和5个12肺癌患者进行这项研究的早期癌症,这程序能够发现在80%的病例。虽然肿瘤DNA存在于血液的水平低得多在这些癌症的早期阶段,这个项目还能够诊断证明这个方法的潜力早期检测癌症,据研究人员。

周教授补充道:“由于血液样本的数量有限,这项研究的结果只在三个评估癌症类型(乳腺癌、肝癌和肺癌)。一般来说,血液肿瘤dna的分数越高,更准确的程序在生产一个诊断结果。因此,肿瘤well-circulated器官,如肝或肺部更容易诊断早期使用这种方法,比less-circulated器官如乳房。”