单细胞分析显示结肠直肠肿瘤的亚型

结合单细胞基因组学和计算技术,研究小组包括保罗•罗布森博士,杰克逊单细胞生物学实验室主任(JAX),定义了程控组成癌细胞从11结直肠肿瘤,以及相邻的非癌变细胞,更有针对性的诊断和治疗的关键。

说:“使用单细胞签名JAX研究科学家,伊莉斯卡托伊斯博士co-first发表的一项研究的作者自然遗传学,“结肠直肠癌可以进一步分为基于程控组成肿瘤的子组。因为这些子组有不同的生存概率,我们的方法可以为肿瘤提供更好的预后和治疗方法的信息。”

的进步肿瘤基因组测序已经改善了肿瘤亚型分类指导更精确的癌症治疗和改善患者生存。然而,肿瘤通常包含多种癌和非癌变细胞所有有助于肿瘤的生物学。

到目前为止,基因表达在这样的肿瘤被异形使用批量转录组的方法,提供一个转录组测量什么,本质上,是许多细胞类型。采用单细胞转录组技术现在可以解构肿瘤成它的组成程控部分,因此更好地了解潜在的生物学。

罗布森和文章的第二作者Shyam角色,计算基因组研究所的生物学家新加坡,和伊恩•Beehuat Tan医学肿瘤学家在新加坡国立癌症中心,领导努力筛选626随机选择单个细胞的结直肠肿瘤和相邻的正常细胞样品使用单细胞RNA序列。

计算检查每个细胞的转录组(读出所有的信使RNA分子细胞)使用他们的新算法,研究人员发现两种不同的子类型的癌症相关的成纤维细胞(保护)。这些战乱国家大大促成了间叶细胞基因表达中发现大部分肿瘤转录组数据,签名更常与癌细胞的过程称为epithelial-mesenchymal过渡。他们的数据证明战乱国家有助于结直肠癌患者的预后差。

罗布森指出,这些发现显示承诺更加细化的分类在未来肠癌和其他肿瘤。”以及单细胞转录组分析的成本持续下降,肿瘤学家可以更好的分析来指导治疗肿瘤癌症病人,”他说。