改变的基因调控在癌症中比预期的更普遍

癌症
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一项大规模的研究对导致癌症的机制提供了新的见解。它可能发生在基因突变时,但当涉及调节基因表达的基因区域发生变化时,癌症也可能发生。在这项研究中,研究人员使用全基因组测序数据分析了18种不同类型的1448种癌症的所有基因,试图识别哪些基因的表达发生了改变,而不是由突变引起的,而是由调节它们的基因区域的变化引起的。这项研究发表在该杂志上细胞的报道

包括基因——编码维持我们身体工作的蛋白质的DNA序列,以及与基因相邻的调节区域,基因是调节基因表达的DNA序列,”通讯作者查德·克雷顿博士说,他是贝勒医学院丹·L·邓肯综合癌症中心生物统计学部门的医学副教授和成员。“过去,科学家认为这些调控区域代表‘垃圾’DNA,因为它们不制造蛋白质,但实际上它们发挥着关键作用。有一个复杂的调控分子网络影响基因的表达。”

癌症的发生可能是由于蛋白质编码基因发生突变,从而破坏或修改蛋白质的功能。癌症的发生也可能是因为结构重排,即DNA片段从基因组的一个部分跳转到另一个部分,导致许多基因重排。

克雷顿说:“我们发现,蛋白质编码基因内部可以发生结构重排,从而改变蛋白质的功能。”基因重排也可能发生在调控区域内,虽然它们不会影响蛋白质编码基因本身,但它们可以显著改变它们的表达。例如,结构重组可能会关闭例如p53和PTEN,或者打开癌基因,比如促进癌症生长的TERT。”

在这项研究中,研究人员与癌症基因组图谱(Cancer Genome Atlas)合作,这是一个公开的数据集,可以让研究人员了解多种癌症的共同点,Creighton和他的同事分析了大量的病人病例——18种不同类型的1448种癌症——寻找更多的基因,这些基因的表达由于调控中的结构重排而发生改变

Creighton和他的同事们发现,一些没有特定基因改变的癌症确实涉及到结构重排,这可能会影响那些相同基因的表达。他们发现了数百个基因,这些基因调控区域的结构重排与癌症表达的改变有关。

“我们知道个体基因受到结构的限制但出乎意料的是,这一现象比我们预期的更普遍。”“我认为以前没有人深入研究过这个问题,所以这增加了现有的知识体系。我们的下一步是进行更高分辨率的全基因组测序,以发现更多相关的都受到这个机制的影响。”


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更多信息: 细胞的报道(2018)。DOI: 10.1016 / j.celrep.2018.06.025
期刊信息: 细胞的报道

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引用:改变基因调控在癌症中比预期的更普遍(2018年7月10日)
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