随着研究人员细化白血病分类，白血病诊断有望更准确
就像制图师完成地图一样，研究人员已经确定了最常见的儿童癌症的多种新亚型，这可能会改善高风险患者的诊断和治疗。圣裘德儿童研究医院的科学家领导了这项研究，今天在杂志上发表了一篇预先在线出版物自然遗传学．
研究人员使用集成基因组分析，包括RNA测序，来定义b细胞的基因组格局急性淋巴细胞白血病(B-ALL)在近2000名儿童和成人中进行。B-ALL是ALL中最常见的形式，也是儿童中最常见的癌症。B-ALL仍然是儿童癌症死亡的主要原因。
研究人员确定了23种B-ALL亚型，包括8种新的亚型，具有不同的基因组和临床特征以及结果。亚型患病率往往随年龄而变化。现在90%以上的B-ALL病例可以按亚型进行分类，而几年前这一比例为70%。
“B-ALL具有显著的分子多样性，我们和其他人已用于细化分类，并推动精准药物的发展，以改善B-ALL的治疗和结果，”通讯作者、圣裘德病理学系成员、MBBS、医学博士Charles Mullighan说。“精准医疗的一部分是精确的分子诊断，这项研究为更多的患者提供了这种诊断。”
一种新的子类型定义变化
转录因子基因PAX5的改变定义了两个新的亚型，包括PAX5 P80R，作为第一个由点突变引发的淋巴细胞白血病。“虽然二次突变是必要的，而且通常涉及激酶信号，但我们证明了这一点点突变会损害B淋巴样细胞的发育，并促进小鼠B- all的发育，”Mullighan说。
另一种PAX5亚型，PAX5改变，由基因的不同改变定义，包括序列突变或与24个其他基因之一的重排。PAX5亚型加在一起占以前未分类的B-ALL病例的近10%。
新的亚型包括主要发生在成人的高危B-ALL。它是通过转录因子BCL2与MYC或BCL6的重排来定义的。Mullighan说:“这种亚型的诊断结果令人沮丧。“认识到这种亚型定义的重排可能会为患者带来替代疗法。”相反，一种由DUX4基因重排定义的亚型与成人的良好预后相关，就像以前在儿童中观察到的那样。
基因表达追踪
这项研究证明了RNA测序识别多种类型的基因组改变的能力，突出了该技术在白血病诊断中的实用性，特别是在全基因组测序不可用时。这项研究中的例子包括导致融合基因的染色体重排，基因表达轮廓和其他改变。
Mullighan实验室的博士后、共同第一作者顾朝辉博士说:“通过这项研究，三分之二以前未特征的B-ALL患者可以分为不同的亚型，具有不同的遗传改变谱和临床特征。”“这可能会大大加快针对这些患者的定制治疗方法的开发。
“我们还建立了一个强大的B-ALL分类管道，主要基于RNA测序数据，可以整合到ALL的临床诊断中，”Gu说。
“作为一名临床医生，这些描述B-ALL亚型多样性的数据将使我们能够改善对个别患者的预后能力，最终将导致开发新的靶向疗法，更有效地治疗白血病，副作用更少。”合著者Mark Litzow博士说，他是梅奥诊所的医学教授，也是白血病委员会、东部肿瘤合作小组和美国放射学成像网络的主席，他们对这项研究做出了贡献。
揭示了其他亚型
其他新发现的亚型包括:
- NUTM1基因与不同伙伴基因的重排，研究人员认为这可能容易受到治疗
- HLF基因重排为多重基因，包括TCF4以及之前认可的合作伙伴TCF3。
- 三种亚型共享与已建立的B-ALL亚型相似的基因表达模式。该分类表明，新的亚型，etv6 - runx1样，kmt2a样和znf384样，具有与它们命名的既定亚型相似的风险概况和预后。
- 由序列突变驱动的其他亚型，包括IKZF1 N159Y。St. Jude和儿童肿瘤小组TARGET计划之前的工作表明IKZF1 (Ikaros)突变是高风险B-ALL的标志。
