单个病人的基因测试显示小儿黑色素瘤一般基因突变

综合临床基因检测的青少年患者,包括全基因组测序,帮助研究人员识别单个基因的突变,驱动黑色素瘤最常见的童年。圣裘德儿童研究医院的研究似乎是一种进步今天在线发表在《华尔街日报》自然医学。

进一步的研究发现,33%的年轻人与spitzoid黑色素瘤筛查研究小说突变,包括重组,在同一个基因,MAP3K8。类似的突变也发现近500成人黑色素瘤的1.5%病人测试。Spitzoid黑色素瘤发生在儿童和成人,但它是最常见的儿科黑色素瘤。

研究者也报道证明患者MAP3K8突变可能精度候选药物。最初的病人在研究中有一个短暂的响应精度药靶向基因突变MAP3K8管制。

“这项研究表明全基因组和whole-transcriptome测序可以揭示驱动突变错过了流行的商业使用基因的筛选试验板,“说通讯作者历程,计算生物学博士,圣裘德的主席。“这些新发现的变化,包括基因融合,有可能影响治疗。”

共同通讯作者斯科特纽曼博士的st . Jude计算生物学部门和Armita巴拉米,医学博士,圣裘德病理部门的成员。纽曼也是第一作者。

这种疾病

今年大约96480例黑色素瘤诊断在美国,其中1 - 2%发生在儿童和青少年。Spitzoid黑色素瘤生长缓慢的摩尔侵略性的肿瘤范围广泛。在大约50%的情况下,然而,驱动肿瘤的突变是未知的。这些结果表明,MAP3K8儿科spitzoid黑色素瘤是最常见的突变基因。

这一发现

MAP3K8浮出水面作为癌基因启动spitzoid黑色素瘤通过圣裘德儿童研究基因组。研究包括全基因组,whole-exome whole-transcriptome测序病人的肿瘤和正常组织。

全基因组测序确定的确切顺序构成人类DNA的30亿个化学基地,编码指令的分子组装和维持生活。外显子组是1到2%的基因组组装蛋白质的指令。转录组的标识基因被表达。

测序和分析的遗传物质从最初的病人显示改变,包括删除CDKN2A / B的基因和突变基因叔,燃料spitzoid黑色素瘤。但是故事是不完整的。

“激酶基因融合spitzoid黑色素瘤通常作为启动驱动程序,”巴拉米说。纽曼,分析情况,补充道:“激酶突变的肿瘤进行没有以前与黑素瘤相关。”Kinases are enzymes that function as "on/off" switches to regulate activity of other proteins.

纽曼将他的注意力转向其他重组和突变的数十个测序揭示,包括小说融合基因时创建MAP3K8,激酶,融合与另一个基因的一部分。

“有两个全基因组和whole-transcriptome数据至关重要,”纽曼说。“它帮助我们识别基因重排和确定小说融合基因”被翻译成有功能的蛋白质。

MAP3K8 MEK监管,促进细胞分裂的基因和放松管制的其他癌症。科学文献搜索了此前发表的研究,提出了一个可能的角色MAP3K8黑色素瘤。

结果导致了患者治疗trametinib,精密医学,可以抑制MEK蛋白质。最初的积极回应MEK抑制剂后,治疗中断时显然停止工作和病人发达的副作用。

当另一个小说MAP3K8突变被发现在第二个圣裘德spitzoid黑色素瘤患者,研究人员分析扩大到包括spitzoid肿瘤49例。检查发现33%的病人进行MAP3K8突变。团队预测,他们发现不同MAP3K8突变都会导致MAP3K8过度活跃和MEK激活。

纽曼和他的同事们的转录组测序数据挖掘癌症基因组图谱,他们惊讶的发现,1.5%的472成人黑素瘤病人进行类似MAP3K8突变。

下一个步骤

trametinib的结果凸显了需要临床试验精度和其他药物目标确定的变更在这项研究中,研究人员指出。有证据显示,病人对药物产生了耐药性。

“此外,这一研究表明MAP3K8应该被纳入癌症基因组面板在未来,”巴拉米说。

研究数据,包括全面的测序数据从最初的病人,在圣裘德云。