肺炎在所有致病细菌的最大基因组调查中被发现
研究人员绘制了世界各地最常见的肺炎细菌病因图，并揭示了这些细菌是如何在接种疫苗后进化的。来自美国埃默里大学Wellcome Sanger研究所和美国疾病控制和预防中心的科学家与世界各地的许多合作者合作，开展了一项全球基因组调查链球菌引起的肺炎在50多个国家发现了621种毒株。
这项研究发表在《柳叶刀传染病》今天(6月10日)，并附上一篇姊妹论文EBioMedicine，揭示了菌株的肺炎链球菌(也被称为肺炎球菌)在世界各地传播，这解释了为什么尽管有现有的疫苗，肺炎球菌肺炎的发病率仍然很高。在比尔和梅琳达·盖茨基金会的资助下，这项工作将有助于预测哪些菌株对新的肺炎球菌疫苗很重要，并表明持续的全球基因组监测至关重要。
肺炎是一种肺部感染，每年在全球造成数十万人死亡，是全球5岁以下儿童死亡的最大单一传染性原因。链球菌引起的肺炎是细菌性肺炎最常见的病因。健康的人通常携带这些细菌而不会生病，但它们可能导致致命感染，尤其是在幼儿和一些成年人中。
世界上许多国家都引进了肺炎球菌结合疫苗(PCV)在过去十年。这种疫苗，针对的是每个人的皮肤肺炎链球菌细菌，大大减少了儿童感染的数量。然而，尽管PCV对多达13种重要的外套类型非常有效，但已知的外套类型超过100种，而且尽管有疫苗，肺炎球菌肺炎的发病率仍然非常高。
为了了解和帮助对抗这种感染，研究人员建立了全球肺炎球菌测序项目(GPS)来进行基因组监测肺炎链球菌在全球范围内。研究人员与世界各地的合作伙伴合作，对2万多人的DNA进行了测序肺炎链球菌样本来自51个国家的感染者。
在PCV引入前后采集样本，比较DNA序列和健康数据。这就有可能确定可能影响疫苗预防肺炎球菌效果的细菌变化，以及是否出现了影响疾病严重程度和治疗容易程度的新菌株。
研究人员在全球范围内发现了621种遗传品系，每一种都与一种或多种皮毛类型相关。他们还发现，在引入PCV后，非疫苗型细菌的水平上升了，这表明细菌是如何对疫苗做出反应的。
这些论文的资深作者、来自威康桑格研究所的斯蒂芬·本特利教授说:“肺炎是全球健康的一个巨大威胁。我们现在对全球人口有了前所未有的认识肺炎链球菌细菌是细菌性肺炎的通常病因，可以看到导致逃避接种疫苗的进化变化。这将为未来全球疫苗战略提供关键信息，并有助于拯救生命。”
来自威康桑格研究所的丽贝卡·格莱斯顿博士是其中两篇论文的联合第一作者，她说:“我们的研究首次对糖尿病进行了基因组描述肺炎链球菌全世界的人口。这在以前是不可能的，因为以前只研究了个体群体的样本。现在我们有了全球数据，显示每个国家都有哪些菌株，可以利用这些数据来了解全球范围内的肺炎球菌感染。”
肺炎球菌也可以在身体的其他部位引起疾病，例如感染大脑或血液，导致脑膜炎或血流感染，这些都可能导致败血症。婴儿接种PCV疫苗也可以预防这些肺炎球菌感染。通过减少传播肺炎链球菌PCV还通过群体免疫减少成人感染的数量。
美国疾病控制和预防中心链球菌实验室的该项目的联合首席研究员Lesley McGee博士说:“了解链球菌的菌株至关重要肺炎链球菌以及他们对PCV引入的反应。这项基因组研究不仅让我们看到了目前最重要的全球毒株，还有助于了解它们的进化。这一信息将为开发预测工具以识别可能出现的菌株打开大门疫苗使用。”
埃默里全球卫生研究所主任、该项目的首席研究员Robert Breiman教授补充说:“全球定位系统将聚光灯聚焦到一个新时代，在这个时代，基因组学和公共卫生的交叉使优化预防策略的能力变得无与伦比，同时为预测和应对未来的新挑战提供了一个非常有价值的工具。”
比尔和梅琳达·盖茨基金会肺炎团队主任Keith Klugman教授说:“我们必须继续为世界各地的儿童接种疫苗，因为接种疫苗是降低肺炎风险的唯一最佳方法，因为它可以防止儿童感染肺炎链球菌他们和成年人之间。然而，我们正在与细菌菌株的进化作斗争。这项研究显示了持续进行的全球基因组监测的重要性，以了解哪些菌株可能造成威胁，帮助重新制定下一代疫苗。”
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