追踪旅行者的伤寒，以便对新出现的威胁进行早期预警

沙门氏菌血清型伤寒每年造成2000多万例伤寒病例，低收入和中等收入国家的儿童感染比例尤其高。现在，在一篇发表在被忽视的热带病，研究人员展示了英国公共卫生部(PHE)收集的常规数据如何用于深入了解人类基因组学伤寒杆菌在世界各国，为抗生素耐药性和国外疾病暴发等新出现的威胁提供早期预警系统。

伤寒是一种细菌感染，可以在全身传播。如果不及时治疗，它会引起严重的并发症，甚至是致命的。人们越来越关注多重耐药问题伤寒杆菌不同类型的细菌对不同种类的药物表现出耐药性。利用全基因组测序(WGS)，有可能预测抗生素的易感性，突出了利用基因组技术为治疗策略提供信息的机会。然而，在伤寒流行的地区，并没有常规地进行细菌分离和血液培养确认感染

公共卫生部门使用全基因组测序对沙门氏菌进行监测，以及许多其他细菌，以便提供准确的诊断，快速检测疫情，并查明新威胁的出现。正如大多数情况一样伤寒杆菌这些数据为描绘英国的全球图景提供了丰富的信息来源伤寒杆菌感染。在这项新研究中，澳大利亚国立大学的Danielle Ingle及其同事分析了所有人的全基因组测序数据伤寒杆菌2014年4月至2017年3月期间被送往PHE的分离株，主要来自从高风险地区返回的旅行者。

PHE在研究期间收集的533株分离株包括449例病例，其中患者报告最近到26个国家旅行。大多数病例报告前往南亚，特别是印度、巴基斯坦和孟加拉国。WGS透露了31个独特的伤寒杆菌基因型，尽管大多数分离株(73.4%)属于细菌的一种亚型，这是在去过15个国家的病例中发现的。总的来说，24%的分离株具有多药耐药伤寒杆菌这些人都去过南亚、东非和西非的10个国家。研究人员能够确定世界各国存在基因型和耐药性模式的一些趋势，包括第一例ESBL病例伤寒杆菌在英国，来自2018年描述的一名去过巴基斯坦的患者。

“全基因组测序这里提供的数据可深入了解内部抗菌素耐药性动态的变化伤寒杆菌研究人员说。

“英国公共卫生部在使用烟草方面处于世界领先地位全基因组常规沙门氏菌监测测序技术。令人兴奋的是，这项研究表明，公共卫生部门和其他公共卫生实验室目前常规生成的数据可以作为目前缺乏正式地方监测项目的伤寒流行国家的哨点基因组监测，提供关于菌株和抗菌素耐药性的有价值的信息，可以帮助当地的疾病管理，”Kathryn Holt教授说。

“对在国外感染的旅行者的病原体进行常规基因组监测，使我们能够深入了解在世界不同地区流行的菌株。这为新出现的威胁提供了早期预警系统，包括抗微生物药物耐药性生物造成的威胁。我们的技术还可以在跟踪国外未来疫情的源头方面发挥重要作用，帮助为旅行者提供公共卫生建议，”蒂姆·达尔曼博士补充道。

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