团队从基因组干草堆拔针,发现重要的转录因子结合位点

使用CRISPR / Cas9淘汰赛屏幕多机构研究研究小组系统地审问的重要性超过10000 forkhead盒蛋白A1 (FOXA1)和CTCF结合位点在乳腺癌和前列腺癌的细胞,将有用的针头从大规模基因组包含数以百万计的转录因子结合位点的干草堆。他们发现基本FOXA1结合位点作为增强剂来编排附近的表达至关重要的基因,研究小组报道11月11日,2019年PNAS。

“百分之九十九的人类基因组非编码DNA,此前被认为是垃圾,”李魏博士说道。遗传医学研究中心的首席研究员在研究儿童的国立医院和位联席作者。“我们现在知道,基因组的非编码区域可以扮演重要角色在很多生物功能,包括癌症细胞生长。问题是没有好方法中找出哪些数以百万计的候选人在癌症的生物学非常重要。”

虽然以前的技术审问几百非编码基因区域,李说他们团队能够测试超过10000网站在一个实验。

总的来说,研究小组发现37 FOXA1 T47D细胞结合位点是必不可少的,包括29强烈FOXA1结合位点和八个结合位点附近的重要基因。包括雌激素受体1,“主为ER +乳腺癌细胞转录因子,”TRPS1,另一个转录因子与乳腺癌ER +进展有关,该研究小组写道。

李说的最激动人心的部分工作机器学习模型他们开发了预测哪些潜在的转录绑定网站最重要的是,提供临床相关的信息,在未来可以帮助病人。

“我们只是完成了第一步。我们需要改进我们的机器学习模型。我们需要进行更多的实验。我们需要测试细胞系使用实验模型。我们最终希望发射临床试验来验证我们的发现在人类,”他说。“这将是年后,但我们希望我们的机器学习模型一天可以用来告诉病人的变异位于他们的基因组可能影响患癌症的风险。”

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