识别新的“癌症基因”的算法
据估计，到2040年，全球癌症病例数量将翻一番。这使得寻找致癌基因变得更加重要。来自伯尔尼大学和伯尔尼大学医院Inselspital的一组研究人员现在开发了一种算法，极大地简化了在我们基因组中一个不为人知的部分中寻找“癌症基因”的过程。
癌症是由细胞基因组突变引起的。突变细胞以不受控制的方式生长，适应新的环境，并能逃脱身体的防御机制。因此，研究人员越来越关注肿瘤的遗传学。观察这些恶性细胞的基因图谱有助于我们了解癌症是如何发展的以及是什么推动了它的扩散。这也可以为治疗靶点提供线索。通过最新的DNA测序技术，寻找导致癌症的变异基因——也就是所谓的“驱动基因”成为可能。
通过复杂的算法，根据肿瘤的基因突变模式识别肿瘤中的驱动基因。如此敏感的方法必须仔细校准。“想想你家里的秤，它必须不时地调整以显示正确的重量。类似地，寻找驱动基因的方法必须使用“基准”进行校准，也就是说，一系列已知的癌症基因。他在伯尔尼大学生物医学研究部(DBMR)和伯尔尼大学医院Inselspital进行研究，是RNA与疾bob88体育平台登录病研究国家能力中心的成员。他的团队已经收集了一个基因数据集，这极大地促进了研究人员寻找新的癌症驱动基因。他们的研究刚刚发表在《自然杂志》上通信生物学．
癌症基因在我们基因组的“暗物质”中
我们基因组中的“暗物质”一词指的是95%以上的暗物质，它们不包含构建蛋白质的指令。大量研究表明，这种“暗物质”的一部分，称为长链非编码rna或“lncrna”，在肿瘤发生和癌症进展中发挥着重要作用。如果我们考虑DNA (脱氧核糖核酸)是生物体的固定蓝图，那么RNA(核糖核酸)就代表了该蓝图的“实时”读数，它会根据细胞和生物体的需要动态变化。迄今为止，只有一小部分lncrna的生物学作用和分子机制得到了研究。“引发肿瘤的癌症lncrna代表了癌症治疗发展的一个令人兴奋的新焦点，”Andrés Lanzos说，他是该研究的第一作者，来自DBMR和Inselspital，伯尔尼大学医院，以及NCCR RNA与疾病。
传统上，癌症研究人员将工作重点放在人类基因组中约19,000个“经典”蛋白质编码基因上。对于这些基因，一个标准早就存在了，由在肿瘤发生和癌症发展中起作用的已知基因组成。Rory Johnson领导的团队专注于利用国际癌症基因组联盟提供的肿瘤突变图谱来寻找癌症lncrna。为此，研究人员开发了统计方法来识别癌症lncrna。他们想要在一个基准的帮助下校准这些新方法的准确性，就像经典的蛋白质编码基因一样。为此，研究小组收集了122个与癌症相关的长非编码rna，可信度很高。
高质量预测成为可能
“122个癌症lncrna的数据集已经被证明在许多方面是无价的资源，”约翰逊说。该团队已经用它来校准他们发现癌症lncRNA的算法，并且已经证明这种算法可以做出高质量的预测，包括几十种全新的癌症lncRNA。他们的“ExInAtor”算法已经成功用于国际癌症基因组联盟的工作，该联盟刚刚在该杂志的一系列论文中发表了他们的结果自然和其他地方。伯尔尼大学生物医学研究部和伯尔尼大学医院Inselpital主任Mark Rubin也参与了这个大型项目。bob88体育平台登录
“我们相信，这个基因数据集证明了一个独特的资源，可以更好地理解这类不为人知的lncRNA的属性基因约翰逊解释道。“一方面，这应该有助于研究人员改进他们搜索癌症lncrna的方法，这样我们就可以扩展癌症lncrna的列表，另一方面，我们希望这能够开发新一代的个性化治疗癌症病人，”他补充道。
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