新的计算工具识别可变剪接侵略性癌症的变化

多机构研究率领的研究小组费城儿童医院的癌症(切)与一个强大的驱动基因蛋白质的变化调节可变剪接。研究者们创造了新的计算工具和生物模型研究系统。这合作研究,由亿兴,博士,在欧文Witte无常,医学博士,加州大学洛杉矶分校,是今天发表在美国国家科学院院刊》上。

“我们的研究提供了洞察一个重要的关系癌症司机基因和可变剪接的变化,可以用来指导splicing-targeted的发展癌症治疗说:“邢博士计算与基因组医学中心主任剁碎,这项研究的资深作者。

的共同努力参与研究人员砍、加州大学洛杉矶分校和罗斯威尔公园综合癌症中心。医学博士约翰•菲利普斯博士,加州大学洛杉矶分校的研究员和阳,MS,加州大学洛杉矶分校的访问学者剁碎,研究生,是这项研究的第一作者。

可变剪接是一个必不可少的过程,允许一个基因编码对于许多基因产物,基于RNA的削减,或拼接,之前被翻译成蛋白质。癌细胞经常利用这一过程产生的蛋白质,促进生长和存活,允许他们的复制和转移。这发生在许多癌症,包括前列腺癌,这是与拼接模式的变化。然而,科学家们还不完全了解导致这种变化的过程。

为了更好地理解可变剪接变化的原因和后果在癌症恶化,近900人的团队研究了RNA序列前列腺组织样本,从健康的前列腺组织局部的或积极的转移性肿瘤组织。为了有效地分析这样的大型数据集,称为rMATS-turbo团队创建了一个新的计算程序。使用这个程序,研究人员发现超过13000多样可变剪接事件在这900前列腺样本。

接下来,团队开发了一个分析工具,称为PEGASAS(通路Enrichment-Guided活动研究可变剪接),找到潜在的癌基因和通路与这些司机可变剪接的变化。他们发现,Myc基因参与正常细胞功能和许多癌症,放大与可变剪接的变化基因自己调节可变剪接。利用人类前列腺癌的细胞工程打开或关闭Myc的活动,研究人员进一步证实,这些可变剪接的变化确实是由Myc驱动的。

然后研究者们同样的PEGASAS策略应用于乳腺癌和肺癌数据集,发现同一Myc活动和可变剪接之间的联系,表明Myc基因激活和因此中断splicing-occurs在许多癌症。

“PEGASAS的成功应用前列腺癌、乳腺癌、肺癌和数据表明,这种策略可能是有用的在分析pathway-driven可变剪接在许多癌症,”邢说。“鉴于致癌的参与等途径Myc在小儿癌症通路,这些工具可能暴露途径和目标治疗小儿癌症。”

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