研究人员希望通过下一代基因测序来更深入地了解COVID-19

它可能是普通感染诊断测试的未来，并可能被证明是理解和对抗新型病毒的关键工具。下一代基因测序——或下一代测序(NGS)——在研究中越来越普遍，尽管它还没有广泛应用。在北卡罗来纳大学医学院，这是一项研究合作的一部分，目的是更好地了解病毒性肺部感染，包括covid -19 -一种席卷全球的新型冠状病毒。

“我们可以使用NGS来检测患者样本中的所有病毒，以确保我们目前的测试能够正确识别COVID-19病毒北卡罗来纳大学病毒基因组学核心主任、莱因伯格综合癌症中心成员德克·迪特默博士说。

NGS不仅能识别样本中存在的所有病毒，还能对病毒的DNA进行测序或解码。有能力筛选病毒的基因组密码，就能了解它的年龄，它来自哪里，以及它是否在变异。

迪特默说:“这就像提取病毒的指纹。”“它让我们能够探索样本，并更深入地研究我们发现的东西。它可以帮助我们了解很多事情，包括为什么有些人会感染这种病毒，而有些人不会。”

用于快速检测流感或呼吸道感染的标准诊断检测只寻找有限数量的预先确定的病毒，除了阳性或阴性结果之外，并不能提供其他信息。为诊断COVID-19而开发的检测也是如此。的测验由北卡罗来纳大学的研究人员开发的这种病毒，旨在寻找导致这种新型冠状病毒的病毒基因序列的一部分。

北卡罗来纳大学医学中心微生物学和分子微生物学实验室主任梅丽莎·米勒博士说:“因为我们只研究了病毒的一个基因序列，我们必须持续监测这个基因序列的变化，这样我们才能确保我们的测试仍然是可靠的。”“NGS将帮助我们做到这一点。”

米勒和迪特默正在合作，以尽可能保持COVID-19检测的准确性。在北卡罗来纳大学通过了美国食品药品监督管理局的检测确认程序后——北卡罗来纳州公共卫生实验室确认了前5个阳性和前5个阴性结果——首批100个阳性标本将送往迪特默的实验室进行进一步的测序研究。

米勒说:“这肯定有助于我们对COVID-19疾病和可能存在的其他病毒合并感染的整体认识。”

迪特默和威廉·a·费舍尔，医学博士，肺部疾病和重症监护医学系教授，是本月发表在《流感和其他呼吸道病毒》杂志上的一项研究的通讯作者。该研究的主要作者是Subhashini A. Sellers，医学博士，肺部疾病和重症监护医学部的助理教授。这项研究的目标是确定呼吸道疾病对艾滋病毒感染者的负担。为了确保样本中所有的病毒和细菌都被考虑在内，迪特默和他的同事们比较了NGS与对有呼吸道症状的艾滋病毒感染者的冠状病毒、流感病毒和其他感染的标准诊断测试的敏感性。

塞勒斯说:“我们使用NGS是因为人们担心艾滋病毒感染者容易感染通常不在标准护理测试中使用的病原体小组中的病毒。”“在我们的标准测试中，我们发现了一种鼻病毒菌株，但当对它进行基因测序时，我们发现它比我们看到的常见菌株更独特。NGS可以帮助我们追踪这类信息，这对于快速发现和追踪新型感染和社区疫情非常重要。”

“当涉及到新型病毒在美国，你可以确定病毒的基因序列，并将其与所有已知病毒的数据库进行比较，”迪特默说。“通过使用基因测序在美国，研究人员此前发现，COVID-19最近的“亲戚”是甲型h1n1流感冠状病毒在蝙蝠身上发现的。”

迪特默正在进行一项使用NGS的临床试验，以确保COVID-19检测在更大范围内准确。与此同时，他的实验室将继续与米勒博士合作。

迪特默说:“这是一个例子，说明在北卡罗来纳大学管理学院拥有一个伟大的研究环境，使我们的社区走到一起，为更大的社会做出贡献公共卫生努力。”