科学家们识别潜在的目标,新型冠状病毒的免疫反应

SARS-CoV-2在两个月内,一个未知的冠状病毒,在全球已跑,感染了100000多人,数字持续上升很快。有效的对策需要有用的工具来监控病毒传播和了解免疫系统对病毒。

2020年发表在3月16日,在线的问题细胞,宿主和微生物,一组研究人员拉霍亚免疫学研究所与j·克雷格·文特尔研究所的研究人员合作,提供第一个分析潜在的目标有效的免疫反应对小说冠状病毒。从已知的冠状病毒研究人员利用现有的数据来预测SARS-CoV-2能够激活人类的哪些部分免疫系统。

当免疫系统遇到细菌或病毒,它主要集中在小分子的特性,允许所谓的抗原表位细胞免疫系统的区分外国侵略者和重点攻击密切相关。拥有完整的地图病毒抗原表位及其免疫原性是至关重要的研究人员试图设计新的或改进的疫苗,以防止COVID-19 SARS-CoV-2引起的疾病。

“现在,我们的信息有限,部分病毒引起一个坚实的人类反应,”这项研究的首席作者亚历桑德罗·Sette说,临床生物博士。Sci,教授LJI传染病和疫苗研究中心。“知道某些病毒的免疫原性区域,或者换句话说,哪些部分病毒的免疫系统反应强烈,是密切相关的有希望的候选疫苗的设计和评估。”

当科学家们目前知之甚少人体免疫系统如何回应SARS-CoV-2,研究了与其他冠状病毒的免疫反应和大量的抗原决定基的数据是可用的。

其他四个冠状病毒是目前流行的人口。他们通常导致轻微的症状和他们一起负责估计有四分之一的所有季节性感冒。但每隔几年,一个新的冠状病毒的出现导致严重疾病的情况也是冠2003年和2008年MERS-CoV,现在SARS-CoV-2。

冠”SARS-CoV-2最密切相关的,这也是最好的冠状病毒抗原表位的特征,”第一作者解释说Alba热那亚,博士,博士后Sette实验室。

在他们的研究中,作者使用可用的数据从数据库LJI-based免疫抗原决定基(IEDB),包含超过600000种已知的抗原表位从3600种不同的物种,和病毒病原体资源(ViPR)互补的存储库的信息致病性病毒。团队编制已知抗原表位从SARS-CoV-2冠和映射到相应的区域。

“我们能够映射回10 B细胞抗原表位的新冠状病毒,因为整体序列相似性高冠,SARS-CoV-2可能性高,同样的区域immunodominant在SARS-CoV-2冠也占主导地位,“热那亚说。

5这些地区被发现的糖蛋白,形成“皇冠”给了冠状病毒的病毒表面的他们的名字;两个在膜蛋白,这是嵌入在信封的膜保护蛋白质壳在病毒基因组和三个核蛋白质,形成外壳。

类似的分析,T细胞抗原表位也大多与峰值相关糖蛋白和核蛋白质。

在一个完全不同的方法,热那亚使用主办的表位预测算法IEDB预测线性B细胞抗原表位。最近的一项研究由德克萨斯大学奥斯汀分校的科学家们确定的蛋白质的三维结构,这使得LJI团队考虑到蛋白质的空间结构,当预测抗原表位。这种方法确认的两个可能他们之前预测表位区域。

为了证实SARS-CoV-2 T细胞抗原表位识别基于同源性冠状,热那亚比较抗原表位IEDB Tepitool查明的资源。使用这种方法,她验证12的17 SARS-CoV-2 T细胞抗原表位识别基于序列相似性冠。

“事实上,我们发现许多B和T细胞抗原表位之间高度保守的冠和SARS-CoV-2疫苗开发提供了一个很好的起点,“Sette说。专门针对这些地区的“疫苗策略可能产生免疫力,不仅cross-protective也相对耐正在进行病毒进化。”