新工具有助于从血液、皮肤组织中收集有用的遗传信息

DNA测序正在成为检测疾病和提高精准医疗的一种更常见的方法。由于DNA测序不能检测所有可能的致病突变，RNA测序通常用于解决这一重要差距。然而，RNA测序通常是在临床可获得的血液和皮肤组织上进行的，可能并不代表身体其他部分的完整视图。

为了完善RNA测序的实用性，来自费城儿童医院(CHOP)和宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的一组研究人员回顾了来自大脑和心脏等器官的非临床可及组织的RNA测序结果数据库。这有助于他们识别良好表达的组织之间的差异，以帮助确定临床可获得的组织，如血液和皮肤样本，何时最有用，何时没有用。为了帮助未来的测序和诊断，研究小组还开发了一个在线资源，概述了这些差异如何影响特定的组织和组织基因感兴趣的。该研究结果今天发表在该杂志的网站上医学遗传学．

研究人员继续提高测序检测的能力基因突变会导致疾病。外显子组测序可捕获约31%的遗传性遗传疾病，而基因组测序可将这一比率提高10%至15%，这意味着接受这种筛查的大多数患者将无法得到适当的分子诊断。主要的困难之一是这些测试捕获的非编码变量的数量。这些变异能够引起疾病，但它们很难预测，因此经常被现有的诊断技术忽略。

这些变异导致问题的一种方式是它们能够改变RNA剪接，即去除基因的非编码部分，从而只有编码部分可用来制造必要的蛋白质的过程。因此，影响RNA剪接的变异可以改变必需蛋白质的功能，从而导致疾病。RNA测序可以帮助检测这些变异，并增加从外显子组和基因组测序收集的知识。然而，RNA测序是复杂的，因为基因必须表达在组织有趣的是，这些组织通常是无法接触到的。

“我们知道，我们无法测试大脑、心脏和某些其他器官的组织来进行诊断，但我们也知道，对这些组织进行RNA测序可以揭示我们可能无法捕捉到的重要遗传信息，”医学博士、CHOP人类遗传学部门的主治医生、佩雷尔曼医学院儿科助理教授、该研究的高级合著者伊丽莎白·博吉(Elizabeth Bhoj)说。bob电竞“通过研究临床和非临床可用的组织，我们希望这项研究能够揭示我们目前RNA测序方法可能缺失的真实程度。”

研究小组量化了来自56个不同成人和胎儿组织的801个RNA测序样本中的RNA剪接。该团队在每个非临床可用组织中鉴定出基因和剪接事件，然后允许研究人员确定每个临床可用组织中的RNA测序实际上不能充分代表它们。该团队随后开发了自己的在线资源MAJIQ-CAT，以便其他人可以探索他们对特定基因和组织的分析。

研究人员发现，40.2%的非临床可用组织的RNA剪接在至少一个临床可用组织中没有充分表达，6.3%的基因剪接在所有临床可用组织中都没有充分表达。虽然这些基因中的大多数(52.1%)在临床可用的组织中低表达，但研究小组表明，5.8%的基因尽管表达良好，但表达不充分，因此代表了传统RNA测序方法无法正确捕获的重要部分基因。

“通过使用MAJIQ-CAT，研究人员可以确定哪些可访问的组织(如果有的话)最能代表感兴趣的基因和组织中的RNA剪接，”Bhoj说。“虽然这并不能解决当前外显子组和基因组测序我们相信我们可以捕获更多的基因，并确定它们是如何影响人类健康的。”

研究团队从他们不同的科学背景中提取了这项研究，以提高临床诊断。Bhoj和她的实验室利用宾夕法尼亚大学遗传学系副教授约瑟夫·巴拉什博士实验室的计算专业知识，提供了遗传学和临床诊断方面的专业知识。这项工作由医学博士约瑟夫·艾彻(Joseph Aicher)领导。他是宾夕法尼亚大学基因组学和计算生物学专业的学生，由Bhoj和Barash共同指导。