研究人员通过计算模型设计治疗COVID-19的方法

石溪大学(Stony Brook University)的一个研究团队正在研究计算机模型，这可能有助于加快发现对抗导致COVID-19的新型冠状病毒的药物。他们正在与美国能源部(DOE)的布鲁克海文国家实验室(Brookhaven National Laboratory)和阿贡国家实验室(Argonne National Laboratory)的科学家合作进行这项工作，并将利用这些实验室的计算资源和专业知识。

由Carlos Simmerling-The Marsha Laufer领导的研究人员赋予了物理和定量生物学教授，化学教授，SBU的Laufer中心副主任 - 正在努力更好地了解表面上的“尖峰”蛋白质如何covid-19病毒的互动与细胞它感染。

这些围绕在球形病毒粒子外部的尖刺使病毒看起来像个王冠，它的名字是冠状病毒。它们也是病毒的一部分，可以附着在人体呼吸系统内的细胞上，利用人体细胞上的一种特定蛋白质开始引起感染的过程。由于这种作用，刺突蛋白也是抗体的主要目标，这些抗体可以提供对冠状病毒的免疫力，也可以开发可能阻止感染的药物。

Simmerling和他的同事正在使用计算机模型来了解更多关于秒码如何工作的信息。

科学家已经捕获了具有原子级细节的有用的“图片”的“图片”，他们对斯派克正在做的事情有所了解。例如，他们知道尖峰改变其形状，因为它接触细胞，这导致病毒和细胞合并。但他们需要了解更多细节以控制它。

“你可能知道你的车门是你可以进出车的方式，但如果你只看到一张照片中的门，从来没有看过有人实际打开一门，你真的不知道如何它有效，“Simmerling说。“你也可能不会猜到句柄是你需要移动的部分，以便让门打开，并且也许有一个可以锁定它并将其免于打开的键。

“随着我们的研究和计算机建模，我们正在努力了解更详细的水平的过程，”他解释说。“例如，当它接触电池时，究竟究竟导致了在感染时打开”门“的尖峰？，并且，尖峰上有可能表现出像钥匙的峰值，科学家可能能够制作一个将与它绑定并锁定的小分子？“

正如布鲁克海文实验室计算科学计划主任Kerstin Kleese van Dam指出的那样，“我们将研究60个不同的靶点，其中一种新药可能会附着在病毒上，还有10亿个类药物分子可能会被用来修饰‘门把手，''铰链'或其他组件，以便我们可以识别中和病毒以使其进入细胞的最有希望的选择。“

与Brookhaven和Argonne的计算科学家合作开发的计算机模型在这些实验室的超级计算机上进行扩展 - 将有助于通过这些病毒单元相互作用的细节来帮助解锁对Covid-19的理解病毒飙升的蛋白质。

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