另一种Chia-PET可以深入研究前列腺癌

德克萨斯大学西南分校的研究人员已经确定了基因组小片段的巨大网络，这些小片段彼此相互作用，并与基因相互作用，从而促进前列腺癌。他们的研究结果发表在6月22日的《科学》杂志上临床研究杂志这项研究可能会为治疗美国男性除皮肤癌之外最常见的恶性肿瘤提供新方法。

过去几十年的研究表明，基因突变引发并促进了许多疾病的生长和传播癌症类型。然而，前列腺癌通常只有相对较少的这些突变，研究负责人Ram S. Mani博士解释说，他是UTSW病理和泌尿系的助理教授。

相反,如何前列腺癌调节基因表达哪些基因被关闭，哪些基因被打开，以及在什么程度上被关闭，这往往会出错。导致这种异常基因调控的原因一直是个谜。尽管之前的研究已经在整个基因组中确定了似乎与前列腺癌有关的DNA片段，但其中许多片段并不是基因，因此它们的作用尚不清楚。

为了帮助回答这些问题，Mani和他的同事们专注于基因增强子，这是一种帮助基因生成蛋白质的DNA短片段。然而，玛尼解释说，这并不是简单的一对一比例的增强剂基因的目标．一个增强子可以针对多个基因，或者多个增强子可以针对单个基因。此外，每个增强子与同一染色体上的基因目标之间可能有多达100万个碱基对的距离，这一巨大的距离使得将增强子与其基因联系起来变得困难。

为了在前列腺癌中将增强子与它们的基因靶点配对，Mani和他的团队使用了一种叫做ChIA-PET的技术，即通过配对端标记测序分析染色质相互作用的缩写。这项技术将特定蛋白质与DNA的关联映射到整个基因组中。

研究人员使用ChIA-PET找到了一种叫做RNA聚合酶II的蛋白质靶向的DNA，寻找良性前列腺细胞和前列腺癌细胞之间的差异。RNA聚合酶II不仅与基因结合以启动转录(细胞利用DNA中的指令制造RNA的过程)，而且还是这些基因的增强子。“当这项技术识别出一个基因时，它也同时识别出了所有针对该基因的增强子，”德克萨斯大学西南分校哈罗德c西蒙斯综合癌症中心的成员玛尼说。

利用复杂的分析技术，科学家们对前列腺癌细胞所特有的这些复杂的相互作用进行了分类，发现了大量的增强子，这些增强子不仅与基因相互作用，而且彼此之间也相互作用。他们发现许多增强子与数十个其他增强子或基因相互作用。这些相互作用解释了几种关键前列腺癌基因的异常表达，例如雄激素受体基因在许多前列腺癌亚型中过度表达，癌基因MYC在许多癌症类型中发挥作用。进一步的研究发现了前列腺癌增强子的一些“语法规则”，将基因和增强子分组成彼此严格相互作用的簇。

马尼指出，找到这些增强子和它们的中枢基因也有助于解释与前列腺癌相关的DNA短片段分散在整个基因组的长期谜团。这项新的研究表明，这些片段中有许多是增强剂。

他补充说，控制这些增强子和它们的基因目标之间的相互作用，最终可能被用作减缓或阻止前列腺癌扩散的一种策略，甚至可能完全阻止前列腺癌的发展。“这些发现开辟了一个专注于增强子的全新领域，”他说，“这可能会导致新的研究。前列腺癌癌症治疗。”

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