冠状病毒突变显示早期的安全措施和限制限制病毒传播

冠状病毒,负责COVID-19大流行,有一个官方name-SARS-CoV-2。但根据病毒学家,突变导致数以百计的遗传学上截然不同的版本的病毒。洛杉矶儿童医院的科学家们使用这些病毒签名揭示传播模式,这表明了早期安全措施的有效性策略。

洛杉矶儿童医院的科学家们聚集的基因组数据(一个广泛的池病毒的遗传化妆品研究传播模式在美国大流行性流感爆发以来。他们的同行评议的基因流行病学研究,包括美国最大的样品日期,表明早期严格的旅行限制和其他措施来控制病毒传播,尤其是在美国实施的美国首都华盛顿和加利福尼亚州,极大地限制这种致命病毒的传播。跟踪病毒突变病毒签名是理解的关键行为和变异。这些信息被科学家和公共卫生官员制定有效的策略来限制COVID-19在今年秋季第二波的传播。

病毒突变作为流行病学家的线索

当一个病毒复制,它其遗传物质的复制。Mutations-mistakes经常复制过程发生。的错误成为嵌入病毒的基因组复制和传递。这意味着一个特定的病毒会发展自己独特的收集这些遗传mis-copies签名。每一个新版本的病毒,可通过其独特的组合基因突变积累的顺序和随着时间的推移,称为单体型。

根据病毒学家和遗传学家在洛杉矶儿童医院,SARS-CoV-2变异大约每两周。一些突变可能加强病毒或疾病更严重。其他突变削弱了病毒,这可能会导致死亡的单体型。绝大多数突变明显不明显,不影响病毒或疾病造成。然而,科学家跟踪这些单非常有用的传播流行。

每个样本SARS-CoV-2就像它现在所处的位置的地图。

“通过观察序列,你可以学到很多关于病毒和它如何传播,“说Xiaowu丐帮,生物信息学博士,主任CHLA个性化医疗中心。他解释说,虽然通常指的是病毒,它并不是一个单一的实体。

“病毒感染患者在加利福尼亚将不同于病毒感染病人在爱荷华州的快速变异,”他说。“如果患者样本远离彼此不不同,我们可以推断,两国之间的旅游。”

研究基因组理解疾病传播

“打一场大流行需要高度跨学科团队的人,”博士说。“世界需要临床医生、病毒学家、病理学家和数据科学家。我们很幸运,有这样一个团队洛杉矶儿童医院,从一开始就努力工作和很好。”

实际上,团队开始他们的工作开始前,当SARS-CoV-2还没有来到了美国。

早在2月,詹妮弗·迪恩巴德博士,能告诉大流行迫在眉睫。随着临床微生物学和病毒学实验室的主任,她认识到测试的重要性以及如何收集基因组信息有助于理解和对抗疾病。

“如果我们低估突变率和不知道病毒的表现,任何疫苗开发可能不那么有效,”她说。尽快,团队建立了SARS-CoV-2全基因组测序分析。“这是一个测试,读取整个基因的病毒库每个病人样本,”迪恩巴德博士说。“这给了我们很多信息快。”

快,在与大流行赛跑,是关键。

“在那些早期的流行,我们采取行动,”博士说。“我们想要开发工具了解传输模式,因为它使一个巨大的影响我们应该如何处理病毒和疾病。”

后基因组测试开发,时至今日博士和二亚乙基三胺Lishuang沈吟游诗人与高级研究助理,测试几十个样品使用他们的试验。但是为了了解各州病毒传播和在全球范围内,研究人员需要更多的样本加州以外的地方。团队转向全球科学界和访问序列数据从6000年美国样本。从这个数据集,团队能够识别数百SARS-CoV-2单体型。

时至今日博士强调,公共数据共享是非常有益的研究。“全球各地机构SARS-CoV-2作出贡献序列数据,”他说。“科学界已经做了一些非常重要的分享这些信息。”

从数据清晰的模式出现。有些单中发现只有一个状态。这些独特的,具体由各州完成变异提供证据表明该病毒并没有扩散到邻国。两个states-Washington和加州最多的独特的单。

“我们已经确定了与本研究是美国实现旅行限制和在国内更加安全订单早在大流行期间非常有效地降低扩散,”博士说。“否则,类似突变签名会发现无处不在。”

订单呆在家里,戴上口罩,并取消旅行有病毒传播的影响。“加州是为数不多的国家实施这些措施,”迪恩巴德博士说,“我认为肯定有帮助。”

全球COVID-19大流行还远未结束。但是这样的数据给科学界更好的工具了解病毒,这是一个关键的步骤,它包含它。

“流行病学研究可以教会我们很多关于病毒,”博士说。“我们需要继续遵循安全衡量因为我们的数据显示,他们的工作。”