大规模COVID-19基因组测序在诺福克帮助管理爆发

深入分析了冠状病毒的基因组序列循环在诺福克,英国Quadram研究所的研究人员和东安格利亚大学映射的传播病毒,发现隐藏的暴发和见解提供干预措施阻止其传播的有效性。

超过1500 COVID-19基因组代表42%的阳性病例在第一波的感染是测序研究。只有澳大利亚、西班牙、印度和美国比已经测序的基因组测序在诺福克。

积极的冠状病毒例来自该地区的医院、社区护理组织和推动通过测试设施,和被测试的国民医疗服务制度(NHS)诺福克和诺里奇大学医院(NNUH)微生物实验室。他们被测序,进行微小的变化,表明不同类型检查,或血统,SARS-CoV-2病毒。

研究小组发现了100种不同的血统在诺福克,在3月和8月。已经有多个单独的介绍病毒进入该地区,主要来自英国和其他欧洲国家。血统的数量达到顶峰国家封锁开始大约5周后,迅速消失,表明措施防止传输工作。

几个额外的研究结果发现,进行了深入的分析:分析样本爆发在一个食品加工厂都发现高度相关,表明工厂工人之间的病毒传播。识别爆发血统能跟踪病毒的传播到社区和改善接触者追踪工作。这有助于识别隐藏的路线传播。

另一个天堂,似乎只有一群关心家庭有关,但不是在更广泛的社区发现,已被确认,目前正在接受调查。

医院的情况下被发现的集合包含多个血统,给予信心,这些都是感染了在社区里,而不是在医院内爆发。

随着感染开始再次上升,这表明genome-based监测在地方层面的价值和支持全国范围的控制措施。

诺里奇研究园团队由贾斯汀O’grady博士和安德鲁页面,在英国,19个伙伴之一的COVID-19基因组学英国协会成立于3月追踪病毒的传播。

数据共享与英国卫生机构以及学者在国际上,作为全球努力的一部分COVID-19理解和控制。

路易斯史密斯博士的公共卫生、诺福克郡议会说:“这是非常令人兴奋的,我们可以使用病毒基因流行病学等前沿技术来帮助我们管理疫情在地上。它极为宝贵,能够识别是否爆发是由于新病毒的介绍或联系当地情况;反之能够追踪疫情的发展到社区。我非常欣赏和价值这种合作。”

“我们相信,这给了诺福克基因组序列覆盖率最高的国家之一世界上人均”博士说贾斯汀O’grady Quadram研究所和东安格利亚大学的。“病毒基因组测序提供了更大的分辨率比传统的流行病学方法允许我们区分不同集群。这是至关重要的信息,特别是当我们进入第二个感染高峰。”

“我们很快建立稳健,快速管道SARS-CoV-2测序,测序为每周数据反馈到全国疫情管理工作,同时也帮助当地疫情分析“Quadram研究所的安德鲁页面博士说。“这些成就只可能通过科学家们的协作努力,临床医生、数据管理员和流行病学家”

“COG-UK倡议提供全基因组测序SARS-CoV-2提供了协助IPC努力改善医院功能和澄清intra-hospital传输事件以及减少病毒的传播从医院到社区”Samir Dervisevic博士说,顾问NNUH病毒学家

“此外,Quadram研究所的研究人员与诺福克和诺里奇大学病毒学家和医院感染预防控制团队即将开始一个辅助测序研究这将使SARS-CoV-2确定医院的快速扩散,在24小时内。基因组测序的快速部署在疫情爆发的情况下将大大帮助努力减少感染的传播的风险在我们脆弱的病人和工作人员。这种类型的干预将不仅帮助病人管理提供尽可能准确的分析intra-hospital传播。”

匹配模式出现在其他地方,大多数样本来自年长的人,只有少数的孩子。样本来自女性多于男性,反映出长寿命模式还NHS劳动力的大部分是女性。

本研究证实了这种新型冠状病毒和增加了我们的知识。这种病毒有一个稳定的、低基因突变率。突变的蛋白质,会增加传输的病毒在诺福克,主导研究的时间轴,反映在全球范围内的东西。也没有证据表明区域内的再感染,增加证据,再感染还是很少见的,至少现在是这样。