交互式虚拟现实中对COVID-19作为药物设计的新工具

布里斯托尔的科学家们展示了一种新的虚拟现实(VR)技术将帮助开发药物对SARS-CoV-2病毒,使研究人员能够共享模型和以新的方式合作。创新工具,由布里斯托尔大学的研究人员,并发表在《化学信息和建模,全世界将帮助科学家确定抗病毒药物先导物更快。

一个SARS-CoV-2酶被称为蛋白酶(Mpro)是一种很有前途的目标主要在寻找新的抗病毒治疗。酶分子阻止主要蛋白酶working-called inhibitors-stop病毒繁殖,因此可以有效的药物。世界各地的研究人员正在努力找到这样的分子。的一个关键指标药物的效果是如何紧密结合其目标;了解药物适合蛋白质帮助研究者设计改变其结构更加紧密的结合。

Adrian穆赫兰从布里斯托尔化学学院的教授和这项研究的首席作者解释说:“我们发现交互式虚拟现实可以模拟病毒蛋白和抑制剂与酶结合的方式。研究人员可以使用该工具来帮助理解这种酶是如何工作的,以及如何适应这种酶潜在药物。这将有助于设计和测试新的潜在的药物先导物。我们分享这些模型与整个社区。”

布里斯托尔的团队开发出了一种虚拟交互框架的分子动力学模拟。它是一个开源的软件框架,称为Narupa使用现成的虚拟现实设备。

在这项研究中,布里斯托尔团队创建了一个3 d模型的结构SARS-CoV-2 Mpro和交互式使用分子动力学模拟在虚拟现实(iMD-VR)的步骤内酶和想象分子绑定,在原子的细节。结果表明,用户能够展示一个药物分子内符合酶。

穆赫兰教授补充道:“目前全球许多努力旨在识别COVID-19药物先导物。iMD-VR工具将是一个宝贵的资源,使虚拟协作为国际药物发现社区,帮助预测潜在的药物先导物结合SARS-CoV-2目标。一个令人兴奋的方面是,它还允许研究人员合作以新的方式:使用云计算,他们可以在同一时间一起处理一个药物发现的问题当他们是在不同的locations-potentially甚至在不同国家解决同时在同一个虚拟环境分子。”

”计算模型的药物结合SARS-CoV-2突起蛋白是如何推动全球抗击流感大流行的关键。Narupa造型一个全新水平的需要分子动力学在虚拟现实模拟,”副总裁艾莉森Derbenwick米勒说,甲骨文的研究。“我们很高兴,甲骨文的高性能的云基础设施支持这种创新的发展框架,现在帮助推动全球互联的努力击败COVID-19。日益增长的云端连接社区人员正是甲骨文研究设计。”

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