第一次大规模proteogenomic分析提供了洞察小儿脑瘤
全面“proteogenomic”分析蛋白质的基因,和RNA转录参与小儿脑瘤产生了一个更完整的了解这些肿瘤,这是儿童癌症相关死亡的主要原因。结果可以帮助医生更准确地确定不同类型的肿瘤和治疗方法。
临床肿瘤蛋白质组学研究人员分析财团(CPTAC)和儿童脑瘤网络(CBTN)收集和分析所谓的遗传、基因组和蛋白质组数据从多个类型的儿童的脑部肿瘤。伊坎的财团由合作者在西奈山医学院,国家癌症研究所,弗雷德哈钦森癌症研究中心,儿童医院的国家,费城儿童医院的。这项研究第一次大规模多中心研究集中在小儿脑瘤,在网上细胞11月25日。
“小儿癌症一般来说,尤其是小儿脑瘤,有一个相对较低的突变负担,”裴王解释说,博士,领导该研究的通讯作者,遗传学和基因组科学教授伊坎在西奈山医学院。“因此,综合描述这些肿瘤的分子生物学功能,包括proteogenomic分析在这项研究中,是至关重要的,以便更好地理解和治疗小儿脑瘤。”
这项研究是第一个基因组的全面调查(旨在描述DNA序列改变样本),转录组(旨在量化rna的副本),全球蛋白质组学(旨在识别和量化蛋白质)和phosphoproteomics(量化活性蛋白质)在一大群218肿瘤样品代表七种不同类型的脑肿瘤。
通过描述生物主题之间共享这些不同类型的肿瘤,研究揭示,运动员的新见解表明目前的治疗被用于特定的肿瘤类型可以应用到其他共享相同的蛋白质组功能。具体地说,小儿颅咽管瘤的分析揭示了两个不同的子组,小儿脑瘤的一种。一群显示蛋白质组学/ phosphoproteomic特征却有着惊人相似的另一种类型的肿瘤,称为“低级的神经胶质瘤(LGG) BRAFV600E突变。”This observation suggests that MEK/MAPK inhibitors, a type of chemotherapy that has been used against LGG-with-BRAFV600E-mutation tumors, might also help with this subset of pediatric craniopharyngiomas, which currently has no robust chemotherapeutic options.
”司机的联合研究一直是科学数据共享和开放的承诺。一起给了CPTAC和CBTN机会扩大我们的可用资源回答至关重要的生物学问题。利用集体经验在这些财团使我们能够更好地理解小儿肿瘤的机制,提高靶蛋白识别的过程,并有可能改善癌症治疗,”亚当·雷斯尼克博士说,特约研究员,CBTN科学共同主持,并在生物医学中心主任数据驱动的发现(D3b)在费城儿童医院的。
利用丰富的临床结果数据这一群人,该研究小组还发现了新的类型的肿瘤预后生物标记被称为高级神经胶质瘤(HGG)。当HGG肿瘤基因突变称为H3K27M突变,他们往往是非常积极和患者存活时间相对较短。然而,在那些没有突变,这项研究表明,丰富的蛋白质命名IDH1和IDH2肿瘤组织可以帮助确定哪些肿瘤与non-mutated H3K27M基因可能不那么咄咄逼人。
“集成的临床、蛋白质组学和基因数据生成在这项研究使我们能够构建一个更全面的模型大脑肿瘤生物学,这将导致更有针对性的治疗,”布赖恩说十字架,医学博士,特约研究员,执行主席CBTN,脑部肿瘤研究所的主任和医疗儿童医院的国家。
数据分析还显示关键生物样本的主要差异及复发肿瘤从同一个病人,表明独立评估的必要性,为这些肿瘤的治疗决定。“目前的研究第一次揭示了小儿脑瘤蛋白质的能力,以更好地确定哪些患者可能受益于一个给定的疗法,和我们的临床验证使用有针对性的蛋白质组学研究提供了一个平台的实现结果”合著者阿曼达Paulovich说,医学博士,博士,落水洞基金会捐赠椅子和临床研究部教授弗雷德哈钦森癌症研究中心。“随着这项工作进一步走向临床验证,我希望他会给你带来安慰病人和他们的家庭遭受了这可怕的疾病。”
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