追踪病毒突变揭示居家令的成功

导致COVID-19的病毒的200多种变异的家谱有助于解释为什么威斯康星州的两个县(距离仅75英里，但远离病毒的起源)在大流行的早期经历如此不同，并显示了公共卫生命令最初是如何有效地减缓了感染率。

到4月底，戴恩县统计了405个冠状病毒感染和19人死亡密尔沃基县的居民数量不到美国的两倍，但感染人数是美国的六倍多(2629人)，死亡人数为126人。

但是，根据对猪流感病毒基因组序列的分析，这两个县之间几乎没有什么有意义的病毒传播病毒威斯康星大学麦迪逊分校的研究人员今天在杂志上发表了从戴恩和密尔沃基县的感染患者中收集的样本自然通讯．

这项新研究的作者之一、华盛顿大学兽医学院教授托马斯·弗里德里希说:“这两个社区距离非常近，有着很多文化、政治和经济联系，但它们之间传播的病毒菌株却非常不同。”“这表明，我们当时采取的居家令、适当的庇护和非药物干预措施在防止病毒谱系混合方面是有效的。他们把两者分开。”

据该研究的合著者、研究生盖奇·莫雷诺(Gage Moreno)说，通过追踪病毒基因序列的轻微突变，研究人员知道这种病毒最早从亚洲传入密尔沃基县，并开始在当地人之间传播。另一方面，丹麦语的病毒访客主要来自欧洲，而且有更多不同的变体。

但是，尽管有更多机会启动社区传播，戴恩县还是设法避免了密尔沃基的命运。事实上，戴恩县出现了美国第12例COVID-19病例，该病例于1月30日与一名来自中国的旅行者一起抵达，但没有传播给其他人。

弗里德里希说:“尽管存在差异，但在戴恩县和密尔沃基县，病毒的生物学性质可能基本相同。”“例如，没有迹象表明这些突变改变了病毒的传播能力。”

这说明了其他因素，最有可能的是密尔沃基县和戴恩县之间的人口和社会经济差异。密尔沃基县的人口居住距离更近，平均收入较低，获得医疗保健的可能性更低，更有可能患有肥胖和糖尿病等疾病，所有这些都可能使人们更容易感染COVID-19，并产生更严重的后果。

“我们无法测试社会或人口因素与我们的数据之间的具体联系，但我们看到了很强的相关性，”弗里德里希实验室的研究生、该研究的合著者卡特琳娜·布劳恩(Katarina Braun)说。“有很多其他文献表明这些人为因素在预测这种病毒的传播方面，与病毒因素同样重要，甚至更重要。”

3月底，人为因素发生了变化，当时威斯康辛州卫生服务部发布了“在家更安全”的命令，关闭了非必要的企业，并禁止集会。通过跟踪该命令颁布后病毒不同变种的传播，研究人员可以通过估计病毒的基本繁殖数量，即单个感染者预计会产生的新病例数量，来判断该命令在多大程度上遏制了传播。

“在戴恩县，这一数字下降了至少40%，在密尔沃基县下降了近70%，”弗里德里希实验室的博士后研究员、该研究的合著者卡森·里默斯马说，该研究还包括来自埃默里大学、密尔沃基卫生部和麦迪逊米德尔顿纪念退伍军人医院的贡献者。

病毒传播的细节——病毒从一个地方或一群人流向另一个地方或一群人，它对政策变化和人们习惯的反应方式——可以通过从病毒样本中收集基因序列来收集，这对公共卫生官员非常有用。

另一位研究合著者、华盛顿大学医学和公共卫生学院教授大卫·奥康纳说:“当我们在戴恩县发生小规模疫情时，我们有一个来自全州各地的良好测序覆盖率的图书馆，你可以问一个问题:戴恩县的这些序列是否与索克县或多尔县或戴尔地区的序列最为相似?”“这样，在试图干预时，你就可以专注于正确的来源。”

研究人员目前正在建立测序库，以帮助衡量大学生中的感染可能对校园外社区产生的影响，以及医院工作人员中的病例是来自他们的病人还是他们的私人生活。

“每个人都应该戴口罩，每个人都应该避免聚会。每个人都应该采取这些预防措施。”“但为了有针对性的干预措施，为了真正深入研究不同感染水平上发生的事情，测序提供了支持这一点的数据。我们真的希望看到这成为疫情调查的常规部分。”