Coronavirus新变种：基因组学研究员答案关键问题
导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒的一种新变种被认为是导致该疾病在英国部分地区传播的原因。政府将包括伦敦在内的一些地区纳入了新的更严格的冠状病毒的限制， 被称为层4。第4层领域的人们将无法与家庭以外的任何人聚集在圣诞节之外，而该国其他地方的人只能聚集在圣诞节。
鲍里斯约翰逊，总理和他的首席科学顾问表示，新的变体可以将Covid-19传输增加到70％，并增加R或繁殖数量0.4。
这个新发现的意义是什么?露西·范·多普(Lucy van Dorp)是微生物基因组学研究员，也是病原体进化方面的专家。
我们对这个新变种了解了什么？
新的英国变体，称为Vui-202012/01或谱系B.1.1.7卫生部长马特·汉考克(Matt Hancock)于12月14日首次宣布了这一消息。它后来被证实公共卫生英格兰和英国的Covid-19测序联盟。通过SARS-COV-2的数据库进行筛选，第一个样本在9月20日在肯特县采集。
这种变异带有14个决定性突变，包括7个穗蛋白，将病毒进入人细胞中介导病毒的蛋白质。与我们在全球流通的许多变体相比，这是一个相对大量的变化。
迄今为止，这种变体的遗传谱 - 或基因组 - 已经大大针对英国分享并分享了一些在丹麦和澳大利亚的两种情况。还有一个报告的情况荷兰。这些国家都具有非常大的基因组测序努力，这些观察结果不可能反映这种病毒的这种变体的真正分布，这可能在其他地方未被发现。我们将更多地知道更多的基因组和共享更多。
由于数据共享的努力,基因组监测和COVID-19测试结果在英国,似乎这种变体现在开始主宰在现有版本的病毒,它可能是负责地区的病例越来越多,特别是地区我们也有迅速扩张的病例数。
MK LHL测试数据显示正检测数据中H69 / V70变体的患病率越来越多 - 这是通过常用的3-基因PCR试验来检测的。pic.twitter.com/1U0pVR9Bhs
- Tony Cox（@the_soup_dragon）2020年12月19日
在这些案例中，脱吊的原因和效果总是很困难。例如，在某些突变的外观上增加可能是由于携带它们频率上升的病毒谱系，因为它们发生在传输高的区域中，例如由于人类活动或干预选择的选择。
虽然这仍然是一种可能性，但到目前为止对这种变体有足够的观察结果，以认证非常仔细的表征，监测和干预抑制传播。
它更危险吗？
克里斯·威蒂首席医务官明确表示，迄今没有证据表明这种变体改变了疾病的严重程度，无论是在死亡率方面，还是在受感染者的COVID-19病例的严重性方面。确认这一点的工作正在进行中。
病毒突变如何发生？
突变是病毒进化的自然组成部分。在SARS-CoV-2病例中，这些突变可能是由于病毒复制过程中的随机错误而产生的诱发通过感染者内的抗病毒蛋白，或通过遗传破碎称为重组。虽然重组的迹象是目前在SARS-CoV-2中未检测到。
预期大多数病毒突变没有任何影响。例如，当我们的团队评估超过50,000个基因组的个体突变替代，我们检测到没有明显改变的病毒健身-病毒生存和繁殖的能力
然而，每种突变通常是一个突变，或者在这种情况下，突变的特定组合，可能会迅速击中并提供病毒一个新的优势。携带这些突变组合的病毒可以通过给予正确的流行病学环境，通过自然选择增加频率。
变种来自哪里？
现在，我们还不知道。到目前为止，科学家还没有发现任何密切相关的病毒来支持这种变种是从国外引进的理论。观察到的突变模式更支持an延长的自适应演变根据目前的数据，最有可能是在英国。
类似突变模式这些都是观测到的在SARS-COV-2的演变中免疫系统较弱的慢性感染患者。目前的假设是，在单身患者中，这种慢性感染的这种情况可能在这方面发挥了作用这种变体的起源。这将继续调查。
我们发现了多少种SARS-CoV-2变种?
SARS-CoV-2有成千上万种血统，平均不同只有少数定义突变。目前在全球流通中的SARS-COV-2仍然存在很少的基因组多样性。然而，在不同谱系中携带的突变中的微妙可以非常有用重建传输模式。
例如，在大流行早期工作使用谱系分配，以识别至少一千SARS-COV-2介绍进入英国。
为什么这个不同?
重要的是要注意，在SARS-COV-2之前甚至有时在大流行早期，已经在SARS-COV-2中观察到许多定义英国变体的突变。
然而，英国的变异，或血统，是由罕见的数量和突变组合来定义的。其中一个突变，N501Y之前被证明增加病毒的结合我们细胞中的受体。N501Y于2020年4月在巴西的病毒中排序，目前也与SARS-COV-2变体相关联在南非出现频率上升- 来自B.1.1.7的独立谱系，也是保证令人担忧的。
B.1.1.7的穗蛋白中鉴定的特定缺失出现在多个其他谱系中病毒频率越来越高，在慢性感染中也可以观察到它们可能改变抗原性-免疫抗体的识别这些缺失也可能与基因结合区的其他突变有关新冠病毒穗蛋白，包括在感染中观察到的蛋白质养殖水貂并且显示在发挥作用中的突变病毒逃避人类免疫系统的能力。B.1.1.7还暂时突出的ORF8基因，在此先前与之相关的该区域中的缺失疾病严重程度降低。
这些突变和缺失的功能效果，特别是在B.1.1.7中报道的组合时仍然被确定。突变次数和该特定变体的初期增加，以及一些突变候选者的生物学相关性，强调了对深入研究的需求。
这对疫苗意味着什么？
目前我们还不知道。尽管我们应该确信疫苗会刺激对整个刺突蛋白的广泛抗体反应，因此预计它们的功效不会受到明显的阻碍突变。这是已经被测试了。
然而，存在越来越多的证据表明其他物种的季节性冠状病毒表现出一些能力逃避免疫超过较长的时间段。
因此，可以想象，我们可能会达到需要更新COVID-19疫苗的程度，就像我们对流感所做的那样，以反映当时流通中的变种。现在说这是否会成为现实还为时过早，但广泛的基因组测序、数据共享和变异的标准化报告将对这些工作起到至关重要的作用。
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