研究人员创建了头部和颈部癌症的综合数据库
来自约翰霍普金斯大学病理和肿瘤系、约翰霍普金斯大学金梅尔癌症中心、约翰霍普金斯大学医学院以及美国和波兰其他18个中心的研究人员，被认为是迄今为止对最常见类型的头颈部癌症最全面的分子表征，阐明了关键的癌症相关基因、蛋白质和信号通路在这些癌症中的贡献。同时提出了可能的新治疗途径。
他们对hpv阴性头颈部进行了深入调查鳞状细胞癌(HNSCCs)，该研究在1月7日的杂志上进行了描述癌症细胞该研究涉及108名尚未接受肿瘤治疗的患者的肿瘤癌症治疗以及66个肿瘤周围的健康组织样本。该研究系统地编目了hpv阴性hnscc相关蛋白，磷酸(它们被修饰的区域)磷酸基)和信号通路，发现了三种不同的hnscc亚型。
hnscc出现在上呼吸道的细胞中，包括嘴唇、嘴巴、舌头、鼻子、喉咙、声带以及部分食道和气管。研究人员发现的首个HNSCC亚型，称为CIN，预后最差。它与喉部、强烈的吸烟史和染色体高度不稳定有关。因为这种亚型与CCND1和CDKN2A基因的频繁畸变以及CDK4和CDK6酶的高活性有关，这种类型的癌症可能对其反应最好抗癌药物称为CDK4/6抑制剂。
第二种亚型，被称为基底型，显示出几个基础因子的蛋白质升高，这是激活基因转录所需的最基本的蛋白质组。其特征是一种称为EGFR(表皮生长因子受体)的信号通路的高活性和附着在EGFR上的AREG和TNFA分子的高表达肿瘤蛋白质。因此，研究人员说，这些癌症可能对靶向EGFR的单克隆抗体抗癌药物反应最好。
第三种亚型，被称为免疫亚型，在不吸烟的人的肿瘤中发现，并显示出多种免疫检查点蛋白的高表达。研究人员表示，这些肿瘤可能对称为免疫检查点抑制剂的抗癌药物反应最好。总的来说，32%的CIN肿瘤，62%的基底肿瘤和83%的免疫肿瘤有很高的治疗潜力。
研究人员还发现了EGFR的两种激活模式，这提出了一种基于与EGFR结合的分子数量对hnscc进行分层的新策略，用于使用单克隆抗体药物进行有效治疗，利用自然免疫系统来对抗癌症。此外，他们还指出，这些癌症中免疫调节基因的广泛缺失导致了免疫反应能力的丧失。
“这项研究扩展了我们对hpv阴性HNSCCs的生物学理解，并提出了治疗假设，可以作为未来研究和临床试验的基础，以分子引导的精确医学治疗这种侵略性癌症首席研究员、病理学和肿瘤学教授、约翰霍普金斯大学医学院生物标志物发现和转化中心主任丹尼尔·陈博士说。
该研究的联合首席研究员、病理学和肿瘤学教授、约翰霍普金斯大学医学院质谱核心设施主任张辉博士说，这三种亚型和建议的治疗方法“是相当重要的发现”。“以前，患者会接受不同的治疗方案，但没有系统的方法来知道哪种治疗方案对某些患者来说是最佳选择。”她说，该团队已经开始了类似的工作，以梳理出hpv阳性hnscc的特性。
研究人员使用最先进的基因组学和蛋白质组学技术来梳理HNSCC蛋白质基因组学特征，定义为基因组成(基因组学)，DNA的化学修饰(表观基因组学)，位于细胞中的信使RNA，作为模板来制造蛋白质(转录组学)，蛋白质(蛋白质组学)及其通过磷酸基团的修饰(磷酸蛋白质组学)，一种已知的调节修饰蛋白质通过打开或关闭功能。这项工作是作为国家癌症研究所临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)的一部分完成的，这是一项通过蛋白质基因组学更好地了解癌症的国家努力。
