Covmt：跟踪世界各地的病毒突变

SARS-COV-2跟踪器使用公共可用的测序数据来展示病毒如何变化和随时间传播。被称为Covmt的跟踪器是在KAUST开发的，预计将帮助研究人员和政策制定者了解病毒突变的演变。这可能对疫苗发育，患者治疗和限制的实施具有影响。

“作为SARS-COV-2的新变种病毒计算生物学家Intikhab Alam说，他与KAUST计算生物科学研究中心的一个团队一起设计了CovMT系统。世界卫生组织向所有国家强调，要加强测序工作。随着测序工作的增加，我们预计CovMT将帮助研究人员、公众和决策者探索有关测序工作、不断演变的病毒变异和其他方面的最新国家特定信息疾病严重程度．"

每天，公开的数据从GISAID下载到CoVMT，这是一项倡议，该倡议将遗传序列和来自世界各地的SARS-COV-2病毒的相关临床和流行病学数据。CoVMT平台处理此数据以检测突变以及变异指纹和定义进化支。

然后，CovMT提供交互式图形来帮助以用户友好的形式将结果可视化。

例如，追踪器显示了哪些SARS-CoV-2分支出现在哪些大洲。它还显示了正在提供SARS-CoV-2测序数据的国家以及每个国家存在的病毒的本地和外国突变指纹。

该团队设计了“突变指纹”的概念来描述具有相同病毒突变的病毒分离物。这有助于科学家们首次检测到具有突变指纹的病毒，然后将其最终传播到哪些国家。由于GISAID包括一些患者数据，这些数据与疾病严重程度相关，并且追踪器还可以预测具有类似突变指纹但缺乏患者数据的病毒分离物的疾病严重程度。

跟踪器表明，B.1.1.7变体在2020年的秋季和冬季冬季和冬季冬季突然升至英国感染的特异性突变，以迅速崛起。这可能对疫苗有效性对此变种有影响。

此外，该追踪器显示510株B.1.351变异的病毒分离物在刺突蛋白的受体结合区域有3个突变。这个区域特别重要，因为它的突变可能使病毒更具传染性。目前在南非、英国和其他22个国家发现了这种三倍RBD突变。

KAUST计算生物科学研究中心代理主任、分子生物学家Takashi Gojobori说:“CovMT将来可以适用于其他传染性疾病，如MERS-CoV和流感病毒。”他成立了开发CovMT的特别小组。

“我们还在为沙特疾病预防控制中心制作沙特版本的追踪器。为了监测沙特关注的变异，我们将需要增加我们的国家测序工作，”Gojobori解释说。“沙特阿拉伯的COVID-19联盟可能是实现这一目标的最佳选择。”

---

---