大规模研究发现基因检测技术错误地检测出非常罕见的变异
一项被商业基因检测公司广泛使用的技术在检测非常罕见的变异时“极其不可靠”，这意味着表明个体携带罕见致病基因变异的结果通常是错误的BMJ．
埃克塞特大学(University of Exeter)的一个研究小组听说，一些女性在被错误地告知自己的BRCA1基因存在非常罕见的基因变异，可能会显著增加患乳腺癌的风险后，不得不接受手术。之后，他们利用近5万人的数据，对这项技术进行了大规模分析。他们发现，在大多数情况下，这项技术错误地识别了非常罕见的基因变异。
该团队分析了SNP芯片，该芯片可以测试基因组中数十万个特定位置的遗传变异。同时善于发现共性遗传变异基因学家早就知道，它们在检测罕见变异方面不太可靠，因为它们会增加患2型糖尿病等疾病的风险。然而，这个问题在基因研究界之外并不为人所知，SNP芯片被商业公司广泛使用基因检测直接面向消费者。
埃克塞特大学医学院基因组医学教授、该论文的资深作者卡罗琳·赖特说:“SNP芯片在检测常见遗传变异方面非常出色，但我们必须认识到，在一种情况下表现良好的测试并不一定适用于其他情况。我们已经证实SNP芯片在检测非常罕见的疾病-导致基因变异，通常是给予假阳性结果这可能会产生深远的临床影响。这些错误的结果被用来安排不必要和没有根据的侵入性医疗程序。”
该团队将SNP芯片的数据与英国生物银行49,908名参与者的更可靠的下一代测序工具的数据进行了比较，另外还有21人通过个人基因组计划分享了他们的消费者基因测试结果。
该研究得出结论，SNP芯片在检测常见遗传变异方面表现非常好。然而，变异越罕见，结果就越不可靠。在非常罕见变异在英国生物银行中，84%的人是假阳性，这是导致罕见遗传疾病的典型原因。在商业客户的数据中，分析的21个人中有20人至少有一个假阳性的罕见疾病致病变体被错误地基因分型。
这篇论文的合著者、埃克塞特大学基因组医学讲师利·杰克逊博士说:“基因的数量假阳性SNP芯片产生的罕见基因变异的几率非常高。需要明确的是:使用SNP芯片检测到的非常罕见的致病变体更有可能是错误的，而不是正确的。虽然一些消费者基因组公司在向消费者发布重要结果之前会进行测序，以验证这些结果，但大多数消费者也会下载他们的“原始”SNP芯片数据进行二次分析，而这些原始数据仍然包含这些不正确的结果。我们的研究结果的含义非常简单:SNP芯片在检测癌症方面表现不佳罕见的基因变异除非这些结果经过验证，否则绝不能用来指导病人的医疗护理。”
这篇论文今天发表在BMJ题为“使用SNP芯片检测非常罕见的致病变异:基于人群的回顾性诊断评估。”
