新软件提供了COVID-19病毒变种多样性的详细图片

“B.1.1.7。”“B.1.351。”在COVID-19大流行之前，这些只是一系列任意的字母和数字。现在，我们将其理解为“值得关注的变体”，即具有独特遗传密码的SARS-CoV-2病毒版本。

这些变异只是病毒基因多样性巨树中的两个分支。当病毒在人与人之间传播时，它会进化和增加基因突变形成了一个由不同的病毒谱系和变种组成的庞大树冠。以可视化的方式为研究人员、公共卫生专家和社区成员呈现这些信息，是西方开发的开源生物信息学管道和网络应用程序的核心CoVizu。

世界各地的基因组监测项目每天都在收集关于这些突变的数据，到目前为止，已经确定了超过30万种独特的COVID-19病毒基因版本，这些版本被收集到称为“谱系”或“变体”的类别中。

与B.1.1.7和B.1.351的突变使病毒的传染性可能更强不同，许多变体不会显著改变病毒的行为。然而，它们确实有助于描绘一幅信息丰富的流行病学图景。仔细检查这种广泛的遗传信息可以帮助跟踪病毒是如何在人群中传播的，确定疫情爆发，并有可能确定下一个令人担忧的变种。

舒立克医学与牙科学院副教授、CoVizu的主要开发者阿特·潘博士说:“我们正在努力做的是对病毒的传播方式进行一些估计。”通过跟踪所有这些变异，这款网络应用程序可以直观地呈现病毒的所有变异，以及在全球传播过程中病毒的基因变化。

Poon说:“我们也立即意识到，有如此多的数据，我们需要有某种方法让用户能够以一种有意义的方式搜索它们。”

通过创建CoVizu，他和他的研究团队将从世界各地收集的50多万个病毒样本中收集的大量基因组监测信息提炼成易于理解的可视化表示。树形图显示了不同的变异是如何相互关联的，而“珠状图”显示了该变异在世界上何时何地被采样，以及这些样本是如何相互关联的。

该软件的所有数据都由gisaid提供，这是一个全球科学计划开放获取病毒的实时基因组数据。到目前为止，CoVizu是其中之一全球15个授权软件合作项目由GISAID实现也是加拿大唯一开发的。

西方开发的软件允许用户根据样本数量、采集日期或原产国对数据进行过滤。它还直观地展示了从共同祖先分化出来的病毒的每个谱系积累了多少突变。

CoVizu开发团队成员、潘老师的研究生伊曼纽尔·王(Emmanuel Wong)说:“这个项目的一个主要部分是让这些数据变得可访问和有信息，这样普通人就能看到这些数据，明白这些数字对他们意味着什么。”“它的作用是让人们看到这些变体，了解它们是如何来到这里的，它们来自哪里。”

该团队成员包括Roux-Cil Ferreira、Molly Liu、Kaitlyn Wade、Laura Muñoz-Baena、Gopi Gugan和Abayomi Olabode，他们希望该软件能够帮助流行病学家和研究人员公共卫生专家跟踪如何病毒在人群中移动，并确定关注的变体。

“CoVizu是一种努力，在我们的工具包中提供另一种工具来理解艾滋病遗传多样性这些病毒，”潘说。“我们知道基因组流行病学很重要，拥有这些数据很重要，因为通过共享数据，我们可以看到和识别关注的变异。”