科学家使用疟疾专业知识来跟踪Covid-19变体

科学家一直在使用遗传学来追踪疾病数十年。现在，普渡大学的一个团队，通常跟踪南部和中非的疟疾传播正在使用其专业知识来跟踪印第安纳州的Covid-19。

Giovanna Carpi的实验室研究传染病的基因组学，以更好地了解它们的传播方式。一位生物科学助理教授，她主要关注她的研究疟疾。随着大流行病的开始，她的实验室枢转了研究SARS-COV-2，小说的基因组流行病学新冠病毒这导致Covid-19，包括跟踪变体。

追踪疾病的变异——无论是细菌性的肺结核，病毒性的SARS-CoV-2还是寄生虫性的疟疾——有助于科学家了解它们是如何在社区中传播的，它们是如何变异和适应的，以及疫苗和其他缓解策略是如何起作用的。

Carpi说:“我们研究基因组流行病学，大规模的传染病基因组研究，我们的实验室正在投资新的测序和信息技术，以研究传染病的基因组，了解传播。”“这让我们能够实时测序，进行基因组监测，这改变了我们对疾病传播的理解。”

Carpi和她的实验室是纯炎症，免疫学和传染病研究所的一部分，其跨学科致力于促进传染病，癌症和慢性炎症条件的治疗和理解。Carpi研究疾病的方式传播以及病原体如何发展，因为它们适应内在内部，并在感染者中移动。

目前，她的工作侧重于疟疾，特别是在赞比亚这样的国家，正在努力消除疟疾。在疟疾病例罕见的情况下，了解如何通过人口引入并持续到持续的持续传输是更重要的。重要的工作尚未被搁置，但自1月以来，新的冠状病毒已成为她实验室的另一个优先事项。

SARS-CoV-2和疟疾几乎没有共同之处。疟疾是一种原生动物，一种由某些种类的蚊子携带和传播的寄生虫。SARS-CoV-2是一种病毒，主要通过人与人之间的接触和通过空气中的微小体液传播。尽管它们在微观层面和传播方式上都是不同的疾病，但科学家研究它们的方法是相似的。

“他们是非常不同的系统，但你使用相同的技术来研究它们，”卡佩说。“测序程序和计算非常相似。”

事实上，新型冠状病毒可能比疟疾更容易研究，因为它的基因组更小、更简单、更容易监测。Carpi在疟疾方面的工作，以及她实验室的设备和专业知识，使她与普渡大学动物疾病诊断实验室一起处于能够追踪COVID-19变异的重要位置。

Carpi说:“我们一直在追踪疟疾。”“我们迅速转换，并在2020年12月能够适应SARS-CoV-2的测序，因为担忧的变体被引入并开始在美国传播。我们必须扩大规模。我们是印第安纳州唯一一个能够通宵研究SARS-CoV-2基因组的实验室，还有我们在动物疾病诊断实验室的合作伙伴。我有一个很棒的实验室团队，我们能够适应非常快的周转时间。”

跟踪病毒的遗传学，或任何疾病，让科学家介绍它如何通过社区迁移。患有类似变体的患者 - 具有类似突变的病毒 - 可能从同一个地方或彼此中获得病毒。新的变体可以指示从其他地方进入社区的新病毒。比较基因组学也可以帮助科学家了解变体如何应对疫苗接种，以及其他抗传染性措施，包括面具，检疫，社会疏散，密集清洁和其他程序。

自今年1月以来，卡皮的实验室已经对大约200个完整的病毒基因组进行了测序和研究，其中包括可以通过测试筛选的变异。她正在普渡社区追踪新型冠状病毒，与保护普渡健康中心(Protect Purdue Health Center)以及印第安纳州各地合作。她收集的信息有助于为决策者提供信息，确保城市、州和大学的领导人拥有最好、最准确、最新的信息。

“我的实验室正在做的工作非常关键，”卡皮说。“印第安纳州卫生部门已经给我们送来了样本，因为我们可以比疾控中心的实验室更快地完成工作。”

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