在休斯顿地区追踪的所有冠状病毒变体的显着传播

2020年末，一些与SARS-CoV-2有关的变种在全球出现。它们被认为更容易传播，人们担心其中一些可能会降低抗体治疗和疫苗的有效性。休斯顿卫理公会卫生系统(Houston Methodist health system)开展了一项广泛的基因组测序计划，已在患者身上识别出了目前已识别的所有6种SARS-CoV-2变种。一项新的研究发表在美国病理学杂志由elestvier发布的，发现该类广泛遍布休斯顿大都市区。

“在SARS-CoV-2病毒到达休斯顿之前，我们计划了一项综合战略，以应对和减轻这种微生物对我们患者的威胁，”首席研究员、医学博士詹姆斯·m·马瑟(James M. Musser)解释说，休斯敦卫理公会病理与基因组医学系主席，美国德克萨斯州休斯敦卫理公会研究所丰德伦主席。“我们制定了一项计划，对休斯顿卫理公会系统内每个阳性标本的基因组进行测序，目的是了解病原体在我们社区的传播，并识别具有重要生物学意义的突变病毒。”

莫塞尔博士指出，大休斯顿是美国第一批大都市多路复用，其中记录了所有这些重要的和涉及其居民之间流通的重要性。休斯顿卫生学生卫生系统拥有美国最大的SARS-COV-2基因组测序行动之一，目前已从3月20日至2月2021年从患者收集的临床标本中排序20,453个基因组。患者家庭住址邮政编码用于看到如何在大休斯顿的大型，多种族和地理位置和社会经济和社会经济上传播的变种如何传播。

称为B.1.1.7的英国变异是在2021年1月2021年1月休斯顿的患者中鉴定的，并于23例患者于2月2021年发现。加州变异，B.1.429和B.1.427首先在休斯顿延迟发现2020年12月。在19名患者的休斯顿和Variant B.1.427中的143名患者中已经确定了Variant B.1.429。南非体变异B.1.351于2020年12月20日和1月2021年12月在两名患者中检测到休斯顿检测到。自2020年12月下旬以来，自2020年12月下旬以来，巴西变异P.1已在四名患者中确定。

除了B.1.351，研究人员发现变异在地理上广泛传播，表明在社区中成功的患者间传播。所有患者均来自普通家庭或最近报告的国际旅行，表明所有感染都是在本地或国内旅行期间独立获得的。

最初博士莫塞尔和共同调查人员已经观察到，尽管P.2感染在数值上是所有休斯顿区域感染的轻微原因，但由于其突变具有中和治疗的可能性，因此令人担忧的最常见变种是患有症状的疫苗。继续监测休斯顿地区表明英国B.1.1.7变体现在是最普遍的变种。根据莫纳博士的说法，“新变种的出现强调了对早期识别和公共卫生警告的持续广泛的基因组测序努力。”

通过将SARS-CoV-2全基因组测序数据与电子病历中的患者元数据联系起来，Houston Methodist能够使用高性能计算集群和机器学习等分析工具，研究菌株毒性或患者结果等基因组多样性和特征。“我们的目标是近实时地对我们医疗系统中每个感染者的SARS-CoV-2基因组进行测序，并向外扩展到其他患者病人在我们的社区，“莫纳博士国家。”我们的结果强调了大力提高基因组监测，以迅速识别和追踪在美国和当地的新SARS-COV-2变体。“

马瑟博士和他的同事们注意到，在过去的三周里，休斯顿卫理公会教派的英国变体病例已经从648例增加到近1600例。他们建议，由于接种疫苗是减少传播COVID-19变种数量的最佳方式，因此需要接种疫苗的人口比例要大得多。与此同时，研究小组正在密切关注这些变异及其引起的疾病类型。

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