研究人员开发新的工具来对抗癌症,推进基因组学研究

癌症
资料来源:CC0公共域名

弗吉尼亚大学医学院科学家已经制定了重要的新资源,以帮助抗癌和推进尖端基因组学研究。

乌瓦的崇智臧,博士,他的同事和学生开发了一种新的计算方法,以便在三维中映射我们的染色体的折叠模式。这很重要,因为我们染色体内的遗传物质的结构实际上影响着我们的基因如何工作。在因此,科学家们希望了解健康细胞和癌变细胞的基因组结构。这将帮助他们开发出更好的治疗和预防癌症的方法,同时也将推动医学研究的许多其他领域。bob88体育平台登录

通过使用他们的新方法,Zang和他的同事和学生已经发掘出了一个宝贵的数据宝库,他们正在将他们的技术和发现提供给其他科学家。为了推进癌症研究,他们甚至建立了将他们的发现与其他资源的大量数据汇集在一起​​。他们说他们的新网站Bartcancer.org,可以为癌症研究人员提供“独特的见解”。

“基因组的折叠模式是高度动态的;它经常变化,而且每个细胞都不同。我们的新方法旨在将这种动态模式与基因活动的控制联系起来,”张说,他是弗吉尼亚大学公共健康基因组学中心和弗吉尼亚大学癌症中心的计算生物学家。“更好地理解这一联系可以帮助揭示癌症和其他疾病的遗传原因,并可以指导未来精准医疗的药物开发。”

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ZANG的映射我们基因组折叠的新方法称为BART3D。基本上,它比较了与许多邻居有关染色体的一个区域的可用三维配置数据。然后,它可以从这种比较中推断,以利用“转录调节的结合分析”或BART填充遗传物质的蓝图中的坯料,或者是最近开发的新型算法。结果是一个地图,提供了前所未有的洞察力,我们的基因如何与“转录调节因素”相互作用,控制其活动。识别这些监管机构有助于科学家了解他们可以在反对癌症和其他疾病的战斗中使用的特殊基因的特定基因。

研究人员建立了一个,Bartweb,向他们的科学家提供BART工具。它可用,免费,atBartweb.org.。测试运行表明,服务器优先于研究人员报告的几种现有工具,用于识别控制特定基因集的转录调节器。

UVA团队还建立了BART癌数据库,将研究进入15种不同类型的癌症,包括乳腺癌,肺,结直肠癌和前列腺癌。科学家可以搜索交互式数据库,看看哪些调节器更活跃,并且在每个癌症中不太活跃。

“虽然癌症研究员可以浏览我们的数据库以筛选潜在的药物目标,任何生物医学科学家都可以使用我们的网络服务器分析自己的遗传数据,”Zang说。“我们希望我们开发的工具和资源可以通过加速科学发现和未来的治疗发展来使整个生物医学研究界受益。”bob88体育平台登录


进一步探索

癌症对我们的染色体造成的危险化改进

更多信息:Zachary V Thomas等,Bart Cancer:癌症基因组中转录调节剂的网页资源,NAR癌症(2021)。DOI:10.1093 / NARCAN / ZCAB011

BART的源代码在github.com/zanglab/bart2.

由...提供维吉尼亚大学
引用:研究人员开发新工具以战斗癌症,提前基因组学研究(2021年,5月26日)从//www.pyrotek-europe.com/news/2021-05-tools-cancer-advance-genomics.html
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