SARS-CoV-2变体测序不足阻碍了全球应对COVID-19

凯斯西储大学的达纳·克劳福德在7月15日发表在《纽约时报》杂志上的一篇新观点文章中指出，美国和其他国家缺乏对SARS-CoV-2变种的测序，正危及全球对COVID-19大流行的应对公共科学图书馆遗传学．

监测对于成功和迅速应对艾滋病至关重要疾病暴发,但公共卫生监测传统上侧重于监测病例数、住院人数和死亡人数。基因组测序的进步现在使我们能够追踪遗传变异以前所未有的细节进化病毒。然而，尽管在一些国家可以进行测序，但采用基因组学作为监测导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒的策略一直缓慢、困难和不一致。克劳福德指出，截至2021年4月初，美国在SARS-CoV-2变异监测测序方面排名全球第33位。她说，从历史上看，疾病控制和预防中心(CDC)并没有将基因组研究作为公共卫生的优先考虑，这种偏见在我们对SARS-CoV-2的实时演变及其对人类的影响的理解上造成了一个巨大的漏洞疾病传播和严重程度。

Crawford指出，资金不足、缺乏有效的样本跟踪系统以及对样本和数据共享的严格监管是导致测序工作不足的原因。不过，中国和英国等其他国家已经成功克服了这些挑战。美国疾病控制与预防中心最近投入了2亿多美元来加强测序，但克劳福德指出，这一后期投资意味着美国缺乏用于COVID-19研究的有组织的患者信息数据库。她警告说，需要继续并扩大对SARS-CoV-2基因组学的投资，因为由于全球疫苗接种率和对COVID-19预防措施的遵守程度不同，可能会出现新的变种。

克劳福德认为，鉴于SARS-CoV-2是一种新的人畜共患疾病，之前没有人类感染，测序和分析对于了解疫情的轨迹和演变至关重要。还迫切需要规定将遗传数据与临床和流行病学数据来源联系起来，以便进行公共卫生研究。最后，她总结说，仍需要继续开展国际测序工作，以了解和应对这种不分国界的不断进化的病毒。

克劳福德补充说:“COVID-19控制需要近实时的宿主病原体基因组和公共卫生数据，以跟踪SARS-CoV-2是如何演变的，以及这种演变如何影响传播和疾病严重程度。”“美国和全球的测序工作太少而且太不连贯，这凸显了与人类基因组学打交道并将其技术整合到新兴传染病中的必要性公共卫生反应。”