最长的COVID-19揭示了SARS-CoV-2逃避免疫系统

Skoltech研究人员和他们的同事们研究了最长的确诊病例的COVID-19免疫功能不全的病人感染了318天。的研究显示新方法逃避细胞免疫的病毒可以变异。一个预印论文的研究广场是可用的。

这项工作是一个合作努力Skoltech;流感Smorodintsev研究所;第一个巴甫洛夫国家医科大学;Parseq实验室有限公司;嗜Kharkevich研究所俄罗斯科学院信息传输问题;生物信息学研究所;市立医院31日在圣彼得堡,俄罗斯;Pirogov俄罗斯国家研究医科大学。

自从第一COVID-19的情况下,新型冠状病毒不断变异,因为它传播在全球人口。其中的一些突变最终引起变异的担心,更传播或更致命的,比如臭名昭著的δ变体。但是,如果病毒徘徊在一个病人的时间足够长,它还可以积累突变,帮助其逃避免疫反应,这些免疫功能低下的患者就会变成不愿热点的快速病毒进化。

一例注意主机内进化是如此耐心的年代,一个女人与晚期非霍奇金b细胞淋巴瘤。她第一次COVID-19阳性2020年4月,终于她的负面测试近一年后,2021年3月。Oksana Stanevich博士指出,医学随访病人和收集临床数据,她经历了两集的严重COVID-19发烧和肺炎的疾病。

全面的数据允许的研究团队包括Skoltech教授Georgii Bazykin跟踪SARS-CoV-2在宿主的进化。全基因组测序和系统发育分析证实,病人年代确实感染了相同的血统在整个疾病的病毒。显然没有向前传播的病毒从她,从没有类似的样品GISAID,全球数据库用来跟踪SARS-CoV-2变体。

病毒在患者年代积累总共40突变,变化的速度远远超过它在普通人群中。这种快速演变表明,人体中的病毒已经适应,获得突变,使它更好地生存和/或繁殖得更快。这些变化都在飙升的一小部分蛋白;其中一些匹配那些之前康复的患者中发现等离子体或单克隆抗体,并与逃离中和抗体。

然而,由于她的治疗方案,患者没有淋巴细胞在外周血流和几乎没有任何免疫球蛋白抗体,所以她的体液免疫本质上是“禁用”。Moreover, the majority of rapidly gained changes were outside surface proteins. "This was puzzling," explains Evgeniia Alekseeva, the joint first author of the paper. "Why would the virus hide from something that is not there? And why would it camouflage its parts that antibodies cannot see anyway?"

寻找一个解释,研究者转向另一个主要的免疫机制:一个由杀手t细胞,细胞免疫的细胞毒性的武器。这个系统不涉及抗体和病人保持功能。逃离t细胞介导免疫在SARS-CoV-2曾获得相对较少的关注。在体液免疫主要目标表面蛋白如飙升,任何病毒基因组编码的肽理论上可以被t细胞;因此,突变允许逃离t细胞免疫在任何病毒基因可以找到。因此,研究小组推测,SARS-CoV-2感染病人年代可能进化逃避它面临着唯一的防御系统。

为了验证这一点,研究人员计算和实验积累突变的影响预测的有效性抗原表达的特定HLA等位基因(免疫基因通常是不同的从一个人到另一个)由病人的基因组编码。说:“我们看到的是惊人的Evgeniia Alekseeva)。“积累的突变病毒专门逃避抗原HLA等位基因的患者表示,呈现t细胞反应效率低下。”

这些发现表明t细胞逃避是一个被低估的和潜在的强大司机SARS-CoV-2受损患者的免疫力。但为大流行是什么意思?“考虑担心最近的SARS-CoV-2变异广泛传播和声名狼藉,“说Georgii Bazykin。”里也有特别的东西他们的起源。当源自这样一个变体,它经常迅速积累多个突变,正如它在免疫抑制的个体发展。这使得人们认为这些人可以一种健身房的病毒感染人类更好地获得所需的特征。而我们研究病毒可能从未离开健身房,我们的研究结果暗示健身房设备比我们想象的更加多样化。”