科学家解释SARS-CoV-2的基因组测序
自12月1日在加利福尼亚州首次发现新冠病毒以来，美国近一半的州都报告了新冠病毒omicron变种。美国已知的第二例欧米克隆病例是在明尼苏达州发现的。
梅奥诊所临床微生物科主任波比·普里特博士说:“各州、县、国家都能检测到omicron的人，并不一定意味着他们是第一个感染这种病毒的人。”“只是他们是最早发现它的人之一。在明尼苏达州，我们是最早发现欧米克隆存在的州之一变体．这是因为我们对大量的COVID-19阳性标本进行了测序。我们有一个非常好的测序系统。”
梅奥诊所实验室一直在与明尼苏达州卫生官员和其他学术医疗中心合作，通过分析病毒来寻找新的变种遗传密码．
为了更好地理解基因组测序以及它是如何工作的，普里特博士在问答中回答了这个问题。
追踪变异或测序基因组意味着什么?
当我们谈论识别变异或跟踪病毒变异时，通常指的是分析病毒的遗传密码，看看它是否是变种，以及它是哪个变种。
你能解释一下分子测序的过程吗?
首先，你必须从正面样本开始。你有一个含有SARS-CoV-2(导致COVID-19的病毒)的患者样本，然后你拿这个阳性样本，对它进行提取，提取出病毒的遗传密码，并将其纯化，以及所有的人类DNA和RNA。
然后进行PCR(聚合酶链反应)。而聚合酶链反应，在我们在梅奥诊所使用的测试中，是放大整个病毒的小片段或几乎整个病毒遗传密码的测试，以产生数百万个副本。然后所有被放大的小片段都需要测序。
接下来，一个字母一个字母地生成遗传密码。然后将这些代码与公开的序列库进行比较，这样你就可以看到它是否与已知的变体之一相匹配，或者它是否可能是全新的东西。
这是下一代测序——通过大量并行的方式产生数百万个序列读取来测序DNA或RNA的过程。下一代测序也被称为深度测序，可以对微生物的整个基因组进行测序。
如何将基因测序用于COVID-19监测以跟踪这些新毒株?
你可以使用从不同的方式测序中获得的信息来查看在社区中传播的变体，以及是否有新的变体，也许还没有名字的变体。这就是你想要测序的原因之一是为了识别新的变种，但通常是为了跟踪已知变种在社区中的传播。
测序机所涉及的时间和容量是多少?
如上所述，基因组测序是一个复杂的过程，涉及多个步骤。
在梅奥诊所，我们使用两种不同的测试来进行测序。一种是在我们的临床实验室进行的，主要用于感染预防和控制目的。这一结果目前还不能用于指导治疗。我们使用的另一个测试是在一个研究实验室进行的，它的容量要大得多。我们可以一次测序700多个标本。这个过程需要更长的时间，因为我们有多个团队参与。
为什么不对所有阳性的测试进行测序?
目前，了解这种变体并不会影响治疗，我们想知道社区中流行的是什么，以追踪病毒是如何传播的。通过监测变异并将信息分享到公开可用的数据库，测序可以帮助公共卫生官员更好地了解疫情并做出决定。
例如，如果我的COVID-19检测呈阳性，我会远离其他人，直到一段时间过去，这样我就知道我没有传染性。我不需要知道我有哪些变体。但如果我和一群人在一起，我们都被感染了，我们认为在某个派对或活动上，就像我们在纽约动漫大会上看到的那样，那么了解这种变体可能会有帮助，这样我们就可以从公共卫生的角度跟踪传播，了解这种变体是如何在多人之间传播的。
对于新的COVID-19变种，人们现在应该记住什么?
我们需要记住，这是一种病毒，它很容易继续变异。有些突变可能在临床上很重要，而另一些则可能根本不重要。一个新的变体可能会出现，然后它可能会消失，可能永远没有任何意义。例如，早期的一些变体——beta, gamma——我们现在已经看不到了，但是delta变体，另一方面，确实传播得非常快。请记住，无论何时我们有一个新的变种，它并不总是一个直接的关注。我们需要观察和跟踪它的进展。
阻止这种病毒和防止新变异最重要的是让每个人都接种疫苗，并继续采取所有预防措施(戴口罩，保持社交距离)，因为病毒只有在进入人体时才会变异。感染的人越少，产生变异和出现新变异的几率就越低。
每个人都应该接种疫苗，继续保持社交距离，戴口罩。尽管形势艰难，我们都对大流行感到厌倦，但我们需要保持警惕。
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