欧米克隆基因和早期传播模式特征
一个大型国际研究团队表示，新冠病毒的欧微米变体与之前的新冠病毒变体不同，这是适应进化的结果，在适应进化中，有益的突变通过自然选择传递给后代，而不是通过先前变体之间的重组。这项研究最近发表在自然，首次描述了omicron的基因组图谱，并探索了该变体的起源。
“我们已经看到SARS-CoV-2产生了三个主要变体- α， δ和ο-大约16个月，这是非常令人惊讶的，因为其他病毒没有这样反复的大进化飞跃，”宾夕法尼亚州立大学生物学副教授Maciej Boni说，他领导了这次全球合作的重组分析。“最新的变种- omicron -是不同寻常的，因为它在其刺突蛋白的进化中实现了更大的跳跃。”
Boni指出，与之前的变体相比，omicron的刺突蛋白有30多个突变，其中许多已知会影响宿主抗体中和。
他说:“鉴于omicron在进化上取得了如此大的飞跃，我们想要调查这可能发生的原因和方式。”
为了做到这一点，由南非流行病应对和创新中心领导的团队分析了截至2021年12月7日可用的所有686个欧微米序列。他们发现omicron属于B.1.1谱系，其中也包括alpha变体。有趣的是，研究小组发现，omicron与alpha以及任何其他已知的感兴趣的变体在基因上都不同。
博尼说:“这意味着，尽管欧米克隆与阿尔法变种属于同一谱系，但它已经发生了很大的变化，基本上无法识别它是阿尔法变种的表亲或侄子。”“当首次对omicron基因组进行测序时，很明显，这种病毒有可能在表型上与我们熟悉的以前的SARS-CoV-2变体非常不同。”
为了确定欧微米变体首次出现的时间，研究小组使用了一种称为时间校准贝叶斯系统发育分析的技术。他们估计，所有欧微米最近的共同祖先存在的日期是2021年10月初。
接下来，研究小组对686个omicron序列进行了选择分析，发现了阳性的证据自然选择因为该变异从其他B.1.1谱系中分离出来。Boni说:“这一发现使我们得出结论，适应性进化在omicron的早期出现和建立中发挥了重要作用。”“这一发现表明，omicron很可能是进化过程的结果，进化过程创造了一种高度传播的病毒，这种病毒部分地避开了我们的抗体反应。”
此外，这一发现排除了omicron起源中先前变体的重组。
Boni说:“我们没有发现令人信服的证据表明omicron是以前SARS-CoV-2变体的重组。”
研究小组确实发现，一些omicron样本显示出微弱的证据，表明它继承了delta病毒的遗传物质，但统计分析不能排除这种奇怪的重组信号的随机机会或小的测序错误。
“鉴于最近的错误信息表明，omicron和delta变体已经重组，创造了一个‘deltacron’超级变体在美国，重要的是要注意，这种重组实际上是可能的，但目前没有证据表明这种情况已经发生，”博尼说。“此外，如果这种病毒真的发生了，就其传播和/或导致严重疾病的能力等因素而言，还不知道这种病毒的特性是什么。”
关于omicron的传播性，研究小组得出结论，部分免疫逃避可能是omicron在南非迅速传播的主要驱动因素，因为南非人口的免疫比例(通过感染、疫苗接种或两者兼有)超过60%。
“这个想法，欧米克隆可以部分逃避免疫系统得到了最近其他研究结果的支持，这些研究结果表明，SARS-CoV-2再感染的风险增加与omicron的出现有关，”博尼说。“我们现在还知道，欧米克隆病毒在感染者体内的病毒载量更高，这也在很大程度上导致了它的高传播率。”
博尼指出，目前的欧米克隆浪潮提醒所有美国人尽可能保持我们的COVID-19疫苗接种。
他说:“我们承受不起又一个有50万人死亡的日历年。”
