更简单、更快的检测方法使更多实验室能够识别COVID-19变体

一项新的研究发现，Novaplex SARS-CoV-2变体I、II和IV实时PCR检测方法(来自Seegene Technology)可以可靠地检测患者样本中的SARS-CoV-2，并识别感兴趣和关注的已知变体。PCR检测结果与“金标准”尖刺基因Sanger测序方法的结果相当。研究人员还成功地简化了测试，通过处理样品而不提取RNA进行测试，降低了成本和周转时间。他们的研究结果发表在分子诊断学杂志．

“与传统测序相比，实时PCR (RT-PCR)检测变异的方法更容易、快速、简单和准确，”首席研究员、美国德克萨斯大学加尔维斯顿医学分校病理科任平博士说。“将无提取处理方法与RT-PCR技术相结合，可以帮助没有测序能力的实验室跟踪循环变异，并调查变异对治疗效果和疾病严重程度的影响。”

I、II和IV测定法用于检测基因突变与SARS-CoV-2的Alpha、Beta、Delta和Epsilon变体有关。在这项研究的时候，欧米克隆的变种还没有出现。从每个样本中提取RNA进行Novaplex RT-PCR和Sanger测序。这些样品也通过Novaplex分析直接测试，而不提取RNA。

在经过RNA提取处理的156个样本中，RT-PCR检测出109个变体。结果与Sanger测序结果100%一致。无RNA提取法的灵敏度为传统RNA提取法的91.7%。在病毒载量较低的样本中，免萃取RT-PCR检测没有检测到一些突变，可能是因为原始样本中的核酸浓度较低。

“分子SARS-CoV-2检测的一个主要限制因素是RNA提取试剂的短缺，”联合第一作者、美国德克萨斯州加尔维斯顿德克萨斯大学医学分校病理科博士Marisa C. Nielsen解释说。“在SARS-CoV-2分子诊断中，传统提取方法仍然是一个耗时的方面。最近CDC指南建议仅对周期阈值(Ct)值低于28的病例进行测序，这表明病毒载量较高，因为在病毒载量较低的样本中测序不太可靠。”

尼尔森博士补充说:“尽管无萃取法的敏感性较低，但它仍然是一种可行的替代方法。”“穗测序对于检测新的变异仍然是必要的。”

随着不同变异的出现，可以对RT-PCR检测进行调整，以包括更多的代表性基因，并允许更容易获得的变异检测和监测公共卫生以及治疗决定。虽然不包括在本研究中，但现在可以使用检测方法来识别omicron特异性突变。

任博士说:“在个别患者样本中确定SARS-CoV-2变体可以帮助指导治疗，因为一些变体对目前的治疗方案更有耐药性。”“然而，潜在的影响超出了个体患者，并进入了公共卫生领域。作为公共卫生监测的一部分，跟踪变异传播非常重要，因为变体-依赖于传播、疾病严重程度和治疗决定。”