新的数据库将“刺激”癌症研究

KAUST的科学家开发了一个交互式门户网站，为癌症研究人员提供了一个平台，来研究基因非编码部分的RNA剪接如何促进不同类型肿瘤的生长。

新资源被命名为SpUR(非翻译区域剪接的缩写)，在网上可以免费获得，详细描述了1000多个剪接事件，这些剪接事件经常出现在位于蛋白质编码停止信号下游的mRNA非编码区域。这些事件的位置和表达水平被编目和可视化的近8000个样本来自10种癌症类型和相应的正常组织。

有了这个工具，独立的研究团队现在可以进一步探索单个剪接事件在癌症的发展和发展。“这些事件可以成为研究癌症中RNA失调的候选者学术研究人员KAUST计算生物科学研究中心代理副主任、智能健康项目副主任高鑫说。“或者它们可以作为开发基于rna的抗癌药物的主要来源。”

计算机科学家高、博士后张斌和研究工程师Adil Salhi与新加坡癌症科学研究所的研究人员合作创建了SpUR数据库。

研究表明，基因下游序列(被称为3'非翻译区域，或3' UTRs)的拼接在癌症中普遍存在，特别是在与肿瘤侵袭有关的基因中。因此，癌症中含有更多基因重组事件的患者往往生存结果较差。

为了证明这一原理，研究人员设计了一种被称为反义寡核苷酸(ASOs)的剪接开关剂，它可以阻止3' utr的剪接过程。当管理肝癌细胞在美国，这些药物有助于抑制肿瘤生长。由于相同类型的剪接事件“无处不在地表达在不同的癌症高指出，这种治疗策略“可能有助于发展广谱疗法”抗癌药物．"

一个潜在的靶标是CTNNB1，这是一种为制造一种叫做-连环蛋白的蛋白质提供指令的基因。鉴于-连环蛋白在许多癌症信号通路中起着核心作用，制药公司长期以来一直试图瞄准-连环蛋白，但仅取得有限的成功。Gao和他的合作者的研究表明，CTNNB1 3' UTR的剪接广泛存在于肝癌、乳腺癌、结肠癌、肾癌、肺癌和其他器官的癌症中，剪接的变体是肿瘤进展的主要驱动因素。

在小鼠肝脏模型中癌症阻断该剪接导致肿瘤完全消退。因此，针对CTNNB1剪接的ASO疗法可能对患者有广泛的效用，正如高指出的那样，它不太可能是唯一的一种疗法。

这项研究发表在自然细胞生物学．

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