机器学习如何帮助被诊断患有最常见的儿童癌症的患者
由Peter Mac和合作者开发的新软件正在帮助被诊断为急性淋巴细胞白血病(ALL)的患者确定他们患有何种亚型。
ALL是世界上最常见的儿童癌症，也会影响成年人。
“百分之三十到四十童年癌症Peter Mac和儿童癌症研究所的副教授Paul Ekert参与了这项工作，他说:“这是一个主要的儿科癌症问题。”
在澳大利亚，每年有300多人被诊断出患有这种疾病，其中一半以上的人已经患病年幼的孩子15岁以下的。确定患者患有何种亚型的ALL，可提供有关其预后以及如何进行最佳治疗的宝贵信息。
"弄清楚基因变化埃克特副教授说:“如何驱动病人的癌症是确定治疗强度和使用何种药物的关键。”
但在RNA测序等基因组技术出现之前，这样做的方法并不精确。
“以前,基因异常通过在显微镜下观察单个染色体并寻找四到五个主要缺陷来检测，”埃克特副教授说。“但我们现在知道ALL至少有23种亚型。”
在一篇发表于血液的进步上个月末，Peter Mac的研究人员和来自墨尔本大学、默多克儿童研究所和儿童癌症研究所的合著者描述了ALLSorts软件，该软件使用RNA测序数据来识别患者的ALL亚型。
该论文的资深作者、彼得·麦克的教授艾丽西亚·奥什拉克说:“ALLSorts提供了一种不同的方法来发现这些基因驱动因素，并对患者所患的ALL亚型进行分类。”“它甚至可以用于单个患者样本，因此无论规模大小的测试中心都可以使用它。”
据研究人员所知，ALLSorts也是同类工具中第一个公开可用的开源工具。
“我们使用了机器学习方法，并在皇家儿童医院和成人的儿童癌症样本上验证了我们的软件的准确性癌症彼得·麦克的样本，”奥什拉克教授说。
在机器学习，是计算机把所有的信息从a大型数据集共同利用数据集最具信息量的特征，而不是依靠人类研究人员来确定数据的重要部分是什么。
奥什拉克教授说:“希望这个软件可以在全世界范围内用于检测ALL，并为患者提供治疗选择。”“这也是计算生物学重要性的一个很好的例子癌症研究。"
更多信息:Breon M Schmidt等，ALLSorts: b细胞急性淋巴细胞白血病的RNA-Seq亚型分类器，血液的进步(2022)。DOI: 10.1182 / bloodadvances.2021005894
