大流行正在改变病毒株的遗传格局
悉尼大学领导的一项研究揭示了新冠肺炎大流行如何改变了澳大利亚冬季病毒的正常模式，出现了新的病毒株，使大多数其他病毒“灭绝”。研究人员警告说，未来会出现意想不到的反弹。
首批记录COVID-19对澳大利亚现有病毒影响的研究之一揭示了这场大流行是如何导致该国呼吸道合胞病毒(RSV)的发病率和遗传学发生巨大变化的。
呼吸道合胞病毒是常见的病毒这通常会导致轻微的感冒症状，感染可能很严重，特别是对婴儿和老年人。
研究人员说，这次流感大流行打乱了RSV的季节性模式，RSV是一组常规“冬季病毒”的主要成员。由于COVID-19旅行限制和感染控制措施，2020年冬季RSV疫情首次没有出现。
然而，RSV是COVID-19后第一批重新出现的关键呼吸道病原体之一。
发表在自然通讯在美国，研究人员对2020-21年夏季在该国两边发生的非季节RSV主要爆发进行了基因测序(创建并绘制了病毒的遗传指纹)。
疫情爆发与放松COVID-19控制措施同时发生。
一个令人惊讶的发现是，在COVID-19之前已知的RSV菌株出现了重大“崩溃”，并且出现了占主导地位的新RSV菌株爆发在西澳大利亚州，新南威尔士州和澳大利亚首都地区。
重要的是，研究人员随后追踪了每次爆发的病毒播种到维多利亚州，这导致了另一次重大的RSV爆发。
“我们的基因研究该研究的首席研究员、韦斯特米德医学研究所医学与健康学院悉尼大学传染病研究所高级研究员约翰-塞巴斯蒂安·伊登博士说:“研究表明，以前的大多数RSV菌株已经‘灭绝’，每次爆发只有一个遗传谱系在所有封锁中幸存下来。”bob88体育平台登录
“我们需要重新评估我们目前对包括流感在内的常见病毒的理解和期望，并改变我们管理它们的方法。”
该研究还提出了一些重要的问题，即RSV的快速传播和进化如何能够为包括流感在内的其他病毒的重新出现提供信息。
“在covid -19之前和之后传播的流感毒株的星座也发生了很大变化，导致我们在如何选择年度疫苗的成分和时间方面面临挑战。例如，澳大利亚的流感季节比往年更早开始。
目前还没有RSV疫苗，但它是疫苗和治疗开发的主要焦点。
伊登博士说:“我们需要保持警惕——有些病毒可能已经消失了，但在不久的将来可能会反弹，可能在不寻常的时候，影响会更大。”
“我们需要为正常季节之外的RSV大规模暴发做好准备，我们的卫生系统也要做好准备。”
病毒环境处于变化状态
该研究记录了导致COVID-19的病毒SARS-CoV-2出现后RSV流行病学的重大转变。
与接触示踪剂绘制病毒在社区中的传播图谱不同，研究人员在基因水平上绘制了病毒的传播图谱，这被称为“遗传流行病学”。
研究人员对COVID-19大流行前后收集的数百个RSV阳性样本进行了基因测序，并利用这些数据创建了一个基因“家谱”——追踪每种病毒株的谱系。
在COVID-19之前，两种主要的RSV亚型(A和B)以相似的水平共同传播。
在2020年底至2021年初的疫情期间，这种情况发生了巨大变化。发现RSV-A亚型是主要菌株，占所有州病例的95%以上。RSV-B病毒几乎消失了。
“相反，我们发现有两种新的RSV菌株，都是RSV- a亚型，它们在地理起源上是不同的，”伊登博士说。
“一个负责新南威尔士州、澳大利亚首都领地和维多利亚州的案件，另一个负责西澳的案件。”
伊登博士说，2019冠状病毒病大流行带来了独特的环境，塑造了该病毒在澳大利亚和全球的遗传格局，对如何恢复RSV的遗传多样性产生了重要影响。
作为进化过程的一部分，病毒自然地积累小的遗传变化，足以使它们与众不同，但也有可能将这些变化追溯到它们的病毒“母体”，类似于遗传家谱。这些菌株在环境中共存，是导致遗传多样性的原因。
研究人员发现，RSV-A和RSV-B的遗传多样性极低，但随着国际边界的继续开放，可能会恢复。
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