罕见的基因变异不是常见疾病的主要致病因素

罕见的基因变异不是常见疾病的主要致病因素
概述所执行的snv集和SKAT测试,以及结果之间的重叠。概述snv集、所执行的SKAT测试以及不同snv集的结果之间的重叠。维恩图显示了不同snv集之间具有任何显著SKAT关联的重叠位点的数量。对于顺式关联,p值为5.88 × 106作为显著性的阈值,而对于反式关联,阈值p值为4.67 × 10-10年被采用。b在每个snv -set中不同模型中识别的位点的比例。5个snv -set分别鉴定出198、190、182、33和27个基因座(图例中N个)。每个条形图代表了这N个位点中对不同SKAT模型具有显著性的部分。七个模型分别是:(1)未加权;(2) CADD或特征加权;(3) MAF加权,β(1,25);(4) MAF加权,β(1,5);(5) MAF加权,β(0.5, 0.5);(6) CommonRare; (7) Rare only. Credit:自然通讯(2022)。DOI: 10.1038 / s41467 - 022 - 30208 - 8

虽然一些罕见的遗传变异可以显著增加少数人患病的风险,但对常见疾病的遗传贡献主要是由于许多影响较小的常见遗传变异的组合。乌普萨拉大学和科学实验室的研究人员在杂志上发表的一项综合研究表明了这一点自然通讯

众所周知,,再加上生活方式和环境,使每个人更容易患上心血管疾病等常见非传染性疾病,和癌症。在过去的15年里,遗传流行病学的研究人员已经成功地确定了有助于遗传性的基因,即特定特征通过我们的基因从父母遗传给后代的程度。然而,很大一部分遗传力还没有被确定的遗传变异所解释。直到最近,用于遗传分析的高通量技术一直局限于在任何给定情况下都有信息的遗传变异的选择

然而,近年来,新的DNA测序技术使研究人员能够研究人类基因组中的每个个体位置。研究表明,绝大多数的基因变异是非常罕见的,有时甚至是特定于一个人群。因此,以前的遗传学研究似乎忽视了大多数致病的遗传效应。

在目前的研究中,科学家们使用高通量下一代测序来描述1000多名瑞典参与者的遗传变异,并将遗传变异与基因产物蛋白质介导的功能后果联系起来。

“蛋白质是我们基因的产物,调节基因对疾病风险的影响。因此,在遗传变异和乌普萨拉大学和科学实验室免疫学、遗传学和病理学系讲解员、首席科学家Åsa Johansson说。

在目前的研究中,超过400种蛋白质被靶向,科学家们表明,许多蛋白质受到了.很明显,与常见变异相比,罕见突变往往对蛋白质组有更大的表型效应。然而,正是因为它们是如此罕见,罕见变异似乎不能解释很大程度的遗传力。这些结果也得到了理论计算的支持,并挑战了该领域存在一段时间的一些假设。

“令人惊讶的是,与常见变异的关联相比,即使使用为捕捉罕见变异的影响而开发的统计模型,也很少能确定关联,”乌普萨拉大学细胞和分子生物学系的教授、瑞典国家生物信息学基础设施的生物信息学专家Marcin Kierczak说,他实施了分析中使用的生物信息学管道。

这表明,蛋白质组遗传力以及下游疾病的主要组成部分是由于更大程度上的常见变异而不是罕见变异。然而,遗传性是一种衡量群体中遗传对疾病贡献的总负担的指标,并且罕见变异在个体水平上的影响可能仍然很高。

“即使我们的研究结果表明,在一般人群中,主要负担是约翰松说:“虽然有常见的变异,但仍有一些人携带罕见变异,这极大地影响了他们患病的风险。”

乌普萨拉大学和科学实验室免疫学、遗传学和病理学系的研究助理Valeria Lo Faro说:“因此,强调高通量测序技术的有用性,以提高我们识别那些具有明显疾病遗传风险并可能适合精准医疗干预的个体的能力是非常重要的。”


进一步探索

在罕见疾病研究中解锁大数据“数字游戏”的工具

更多信息:Marcin Kierczak等,罕见全基因组测序变异对血浆蛋白水平的贡献及缺失遗传力,自然通讯(2022)。DOI: 10.1038 / s41467 - 022 - 30208 - 8
所提供的乌普萨拉大学
引用:罕见的遗传变异不是常见疾病的主要促成因素(2022年5月16日),检索于2022年7月14日从//www.pyrotek-europe.com/news/2022-05-rare-genetic-variants-major-contributing.html
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