2,002个肿瘤的蛋白质组学研究确定了14种癌症的11个泛癌分子亚型
一项新的研究，分析了来自14种基于组织的癌症类型的2,002种原发性肿瘤中蛋白质水平的蛋白质水平，确定了11种不同的分子亚型，提供了系统的知识，从而大大扩展了一个可搜索的在线数据库，该数据库已成为全球用户进行癌症数据分析的首选平台。
阿拉巴马大学伯明翰癌症数据分析门户网站（UALCAN）于2017年被开发并发布到公共用途，作为一个用户友好的门户网站，用于PAN-CACTER OMICS数据分析，包括转录组学，表观遗传学和蛋白质组学。乌尔坎（Ualcan）在100多个国家的研究人员进行了近92万次现场访问，并被引用了2750次以上。
UAB病理学系教授Sooryanarayana Varambally博士说：“ UALCAN是一种努力，以用户友好的格式向研究人员和临床医生分发全面的癌症数据，以在干草堆中发现并找到针头。”以及UAB转化肿瘤病理学研究计划的蜂窝病理学和主任。“癌症检测，诊断，治疗，治愈和研究需要全球团队的努力，并了解所涉及的大量数据需要一种分析和解释这些数据的方法。”
癌症是一种复杂的疾病，其起始，进展和转移，扩散到远处的器官，涉及每种癌症的动态分子变化。除了一些常见的基因组事件外，个别癌症患者显示出差异。
在这项新研究中，Varambally与得克萨斯州休斯敦市贝勒医学院的长期合作者Chad Creighton博士合作。Creighton领导了蛋白质组学研究，发表在自然通讯，“ 2002年的蛋白质组表征人类癌揭示了泛癌分子亚型和相关途径。”这扩展了2019年和2021年发表的两项早期蛋白质组学研究。
此前，该团队进行了RNA转录分析，并通过UALCAN向研究人员提供了数据，以确定哪种途径是多种形式的癌症用途来帮助生长，传播和侵略性。通过这项最近的研究，该团队进行了大规模蛋白质组学分析并纳入了大规模分析。数据和结果为进一步的研究和可能的治疗干预提供了新的想法。
蛋白质组是在细胞或组织中表达的蛋白质的补体，可以通过质谱法的最新技术进步来定量测量这些蛋白质。在细胞中，DNA产生mRNA，mRNA产生蛋白质，即被称为分子生物学的中心教条。蛋白质是细胞的主要功能部分，对细胞代谢，结构，生长，信号传导和运动至关重要。
UALCAN蛋白质组学数据集中代表的癌症类型包括乳腺癌，结直肠癌，胃细胞，胶质母细胞瘤，头颈部，肝脏，肝癌，肺腺癌，肺鳞状，卵巢，卵巢，胰腺，儿科脑，前列腺，肾脏，肾脏，肾脏，肾脏，肾脏和子宫癌。研究中每种癌症类型的肿瘤数量范围为76至230，平均为143。有趣的是，泛癌基于蛋白质组的亚型的研究发现，当前的研究发现跨肿瘤谱系减少了。
Compendium蛋白质组学数据集来自17个个人研究。这些肿瘤中的大多数都可用，包括mRNA水平，DNA体细胞小突变和插入/缺失以及DNA体细胞拷贝数改变。
通常，研究人员发现跨肿瘤的蛋白质表达与相应的mRNA水平或拷贝数改变广泛相关。但是，有一些值得注意的例外。
他们确定了11种不同的基于蛋白质组的泛粘剂亚型，即S1至S11，它们可以提供对肿瘤中失调的途径和过程的见解，从而使它们成为癌性。每个亚型跨越了多个组织癌症类型，尽管Subtype S11是针对脑肿瘤的，但跨越胶质母细胞瘤和小儿脑肿瘤。
每个亚型都表示特定的基因类别，其中一些以前的蛋白质组学研究不足。三个亚型显示了新的基因类别：带有“轴突引导”和“卷曲结合”基因的亚型S7，带有“ DNA修复”和“染色质组织”基因的Subtys S10，以及带有“ Synapse”的Subtype S11基因。
在DNA水平上，该研究详细介绍了基因总体拷贝数变化中基于蛋白质组的亚型的差异，以及与较高途径活性相关的亚型的体细胞突变，如蛋白质组或转录组数据所述。
Varambally说：“我们的研究结果提供了一个框架，可以理解蛋白质组水平上癌症的分子景观，以将数据与癌症的其他分子相关性整合和比较。”“关联的数据集和基因级关联代表了研究社区，包括帮助鉴定候选基因进行功能研究，并进一步发展候选者作为诊断标记或特定癌症子集的治疗靶标。
“此外，这项研究加强了应在蛋白质水平上对癌症进行全面调查的观念，尽管历史上对肿瘤的表达分析主要限于RNA转录水平。在这个不断变化的癌症数据分析平台中，许多分析都是基于的。根据用户或专家的要求，该团队要感谢研究人员的支持和鼓励，他们使用该平台来发现对癌症研究有所作为的发现。”
UAB站点的一些大数据集由癌症基因组图集等财团或TCGA，以及临床蛋白质组学分析联盟或CPTAC，国家癌症研究所。
精确靶向癌症需要鉴定个体或亚类特异性基因组和分子改变。为了帮助癌症研究人员进行各种数据分析，以更好地了解这些大型数据集，Darshan Shimoga Chandrashekar博士领导了Ualcan门户的开发，并在Varambally的指导下。最近发布了此不断发展的门户网站的更新肿瘤。
UALCAN倡议及其持续发展涉及一组专家团队的贡献，包括生物信息学家，计算机科学家，统计学家，癌症生物学家，病理学家和肿瘤学家。“这是一种团队科学方法，可以使全球癌症研究团队能够解决癌症，”瓦拉姆维说。
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