研究人员开发了COVID-19快速测试，可以在数小时内识别变体
去年，病理学家Jeffrey SoRelle医学博士和他的同事开发了CoVarScan，这是一种快速COVID-19检测方法，可以检测到SARS-CoV-2病毒的八个热点特征。现在，在对德克萨斯大学西南分校收集的4000多名患者样本进行CoVarScan测试后，该团队报告说临床化学他们的检测方法与用于诊断COVID-19的其他方法一样准确，可以成功区分当前所有的SARS-CoV-2变体。
“通过这种测试，我们可以非常迅速地确定社区中有哪些变体，以及是否有新的变体病理学助理教授和该研究的资深作者SoRelle博士说。“当我们处理对治疗产生不同反应的变异时，这对个别患者也有影响。”
德克萨斯大学西南分校“从前人类基因组学中心”的检测结果帮助公共卫生领导人跟踪了新冠病毒在德克萨斯州北部的传播，并根据变体的流行情况做出政策决定。医生们也根据结果进行了选择单克隆抗体它们对感染COVID-19危重患者的某些菌株更有效。
虽然有一些其他的COVID-19检测方法，但它们通常检测到SARS-CoV-2的一个片段遗传物质或小分子发现于病毒表面，并不能提供识别变异的信息。此外，许多研究人员担心这些测试在检测某些变异方面不够准确——或者可能会错过未来的菌株。为了确定患者感染的是哪种新型冠状病毒，科学家通常必须使用全基因组测序这一过程既耗时又昂贵，需要依靠复杂的设备和分析才能拼出病毒中包含的整个RNA序列。
2021年初，索莱勒博士和他在德克萨斯大学西南分校的同事们想要跟踪目前的测试在检测新出现的SARS-CoV-2变种方面的效果。但他们意识到，对大量标本进行测序既不及时也不经济，所以他们设计了自己的测试，在麦克德莫特中心下一代测序核心工作，该中心是由内科和分子遗传学教授海伦·霍布斯(Helen Hobbs)博士指导的尤金·麦克德莫特人类生长与发展中心的一部分。
CoVarScan专注于SARS-CoV-2的八个区域，这些区域在不同的病毒变体之间通常不同。它能检测到微小的突变——RNA组成单元的序列发生变化——并测量随着病毒进化而倾向于增长和收缩的重复遗传区域的长度。该方法依赖于聚合酶链反应(PCR)——一种在大多数病理学实验室中常见的技术——在这八个感兴趣的位点上复制和测量RNA。
为了测试CoVarScan的工作效果，SoRelle博士的团队对从2021年4月至2022年2月在德克萨斯大学西南分校收集的4000多份covid -19阳性鼻腔拭子样本进行了测试，这些样本来自有症状和没有症状的患者。这些检测通过金标准全基因组测序进行了验证，医生利用结果选择了一些COVID-19危重患者的治疗方法。
与全基因组测序相比，CoVarScan具有96%的敏感性和99%的特异性。它识别和区分了COVID-19的Delta、Mu、Lambda和Omicron变种，包括ba - 2版本的Omicron，曾被称为“隐形Omicron”，因为它没有出现在一些只检测Omicron菌株的测试中。
“对这种测试的一个常见批评是，它需要不断调整新的变体，但CoVarScan已经一年多没有需要任何调整了;它仍然表现得非常好，”索雷尔博士说。“未来，如果我们确实需要调整它，我们可以很容易地在测试中增加20或30个额外热点。”
SoRelle博士计划继续开发CoVarScan作为商业测试，并在此基础上申请专利。作为变异基因分型PCR检测的发明者，SoRelle博士有权从其使用中获得收入。
进一步探索
