研究表明，慢性COVID感染引起了人们的关注
一项新的研究强烈表明，令人担忧的冠状病毒变体正在出现在那些可能具有免疫能力且无法清除病毒的人的慢性、长期COVID感染中。病毒学前沿发表了埃默里大学和牛津大学科学家的研究结果。
埃默里大学生物学和物理学教授丹尼尔·韦斯曼(Daniel Weissman)说:“我们的研究结果表明，担忧的变异不是从数亿人的急性COVID感染传播链演变而来，而是来自罕见的病例，即某人可能有数月的活跃感染。”韦斯曼是通讯作者，专注于定量进化理论的生物学和物理学教授。
该论文的第一作者、牛津大学博士后研究员Mahan Ghafari补充说:“一个关键的信息是，找到这些慢性感染的人并为他们的康复提供支持是很重要的。”“在许多情况下，他们可能没有症状，甚至没有意识到自己感染了COVID，尽管他们正在积极地摆脱感染病毒．"
2018年，贾法里毕业于埃默里大学，获得物理学硕士学位。
这篇论文的其他作者包括牛津大学进化和基因组学教授Aris Katzourakis;埃默里大学物理系研究生刘启涵(Qihan Liu);以及埃默里大学本科生Arushi Dhillon。
随机突变
像SARS-CoV-2这样的病毒由于复制时可能发生的遗传密码偶尔突变而不断进化。“当病毒自我复制时，它并不总是能复制出完美的副本，”韦斯曼解释道。
通常，这种随机突变不会对病毒有利，也不会引起监测这些变化的科学家的关注。然而，突变偶尔会导致变体这种病毒可能会使其更具传染性，更难发现和治疗，甚至更致命。
世界卫生组织将SARS-CoV-2变种定义为更有可能导致感染的病毒，即使是接种过疫苗的人或以前感染过的人。
韦斯曼说:“在大流行的头几个月里，冠状病毒似乎不会适应人们的担忧。”“但是，砰，砰，砰!”冠状病毒不仅进化成VOCs，而且在2020年底连续三次进化。”
世界卫生组织将这前三种担忧称为alpha、beta和gamma。
关于VOCs的问题
为什么这三种VOCs几乎同时出现，而且明显分布在世界上三个遥远的地区?
另一个谜是为什么VOCs中发生了大量的突变。“将这些VOCs与其他正在传播的病毒谱系区分开来的一个关键因素是，它们中的每一种都有大量的突变，”Ghafari指出。“这是进化方面的一个主要区别。”
在慢性COVID病例中至少检测到一些VOC的突变，这导致了一种假设，即这些长期病例可能是VOC的来源。另一个主要理论是，在世界上对病毒基因组监测不良的地区，VOCs是在急性感染的持续传播中出现的。
Ghafari, Weissman和他们的合作者是第一批系统地测试这些理论的团队，这些理论围绕alpha, beta和gamma VOCs的出现。
研究人员利用现有数据和他们开发的软件，建立了一个机械的理论模型来研究这个问题。由此产生的模型排除了VOCs出现于急性感染持续传播的理论，并完全支持每种变体在单个慢性感染个体中进化的理论感染．
该模型显示了多个突变是如何被需要的，每一个突变都可能对病毒的适应性是中性的或略微有利的。通过这种方式，变体最终会获得一系列突变，从而使其更具传染性。
模型解释了delta和omicron的出现
虽然目前的论文是从alpha、beta和gamma变体的数据中提取的，但由此产生的理论模型也解释了后来独立出现的delta和omicron VOCs。2020年底，三角洲病毒在印度出现，迅速席卷该国，并蔓延到世界各地。2021年底，欧米克隆(omicron)在南非出现后，德尔塔消退。欧米克隆不是德尔塔变种的后代。欧米克隆迅速成为全球VOC的主导者。
研究人员已将他们的模型和软件公开提供给其他人，以研究SARS-CoV-2变体的进化。
“理想情况下，我们希望最终能够量化未来可能出现新变种的时间，”韦斯曼说。“从公共卫生的角度来看，这有巨大的影响。”
研究表明，一些免疫功能低下的人，如服用其他慢性疾病药物的人，已经携带了一年甚至更长时间的COVID活动性感染。研究人员强调，识别这些人至关重要，不仅可以帮助他们接受COVID治疗，还可以对他们携带的SARS-CoV-2病毒进行基因组监测。
“谁知道慢性感染者接下来会产生什么变异呢?”Ghafari说。“我们的研究表明，从进化的角度来看，我们可以期待与以前的VOCs完全不同的东西。如果我们想领先于这种病毒一步，我们需要更积极地识别和监测慢性感染患者。”
