科学家为可视化开发web应用程序局部性COVID变异的临床数据
遗传学家柯南道尔沃德博士和他的同事陈马塞诸斯州大学医学院已经开发出一种web应用程序允许流行病学家、公共卫生官员和其他科学家访问遗传信息SARS-CoV-2病毒从马萨诸塞州中部。该研究发表在JMIR造型的研究。
由启明创投史博士的数据科学家马塞诸斯州大学的临床与转化科学中心Chan)应用程序,称为美极(马萨诸塞大学的地理信息图形用户界面),利用health-associated社会人口数据和病毒基因组收集的数据来自6000多个SARS-CoV-2马萨诸塞州中部的情况下。通过连接时间、空间、人口和消除识别信息的临床数据COVID-19基因变异,当地流行病学家和公共卫生官员现在有另一个工具来监控和预测COVID-19流行的进展和潜在跟踪干预的影响。
“仪表板允许流行病学家和公共卫生官员访问一个复杂和多样化的COVID-19流行在马萨诸塞州中部的数据在一个用户友好的应用程序中,”沃德博士说,微生物学的副教授和生理系统和运营中心主任陈在马塞诸斯州大学的微生物的研究。“有了这个工具,研究人员可以查看数据以图形方式以一种有意义的方式,让他们理解基本数据和如何应用它。”
美极的支柱的数据收集从一个数量的公共资源,包括当地疫苗接种率从马萨诸塞州公共卫生部和社会脆弱性指标从美国疾病控制和预防中心。此外,zip代码级的人口数据是来自邮编制表领域和2018年美国社区调查。
沃德和他的同事曾与马塞诸斯州大学的纪念健康获得和归档剩余SARS-CoV-2积极收集的样本临床的设置。他们利用深度测序技术重建单个病毒基因组和识别每个COVID-19样本的变异。
最后,去除了识别信息的临床数据,与每一个成千上万的COVID-19样本,是从临床数据研究进口仓库由马塞诸斯州大学的陈。这些数据结合信息从马塞诸斯州大学的纪念,但所有电子健康系统个人信息可以用来识别个人移除。
结果是马萨诸塞州中部的地图与成千上万的COVID-19病例由彩色点编码基因亚型和绘制整个地区的邮政编码。
“我们认为这是马萨诸塞州中部特有的,”沃德说。“没有其他人COVID-19信息在这个级别的细节”。
美极不仅仅是一个简单的地图;也与社会和临床数据,研究人员可以使用覆盖发现模式和应对流感大流行。用户可以访问信息疫苗率、社会脆弱性,年龄,性别,贫困率,日期示例是,潜在的并发症,住院治疗,临床结果,和更多的遗传、地理和时间信息。
访问这些数据,公共卫生官员可以观察大流行正在几乎实时地取得进展。随着大流行的形状的发展,卫生官员可能制定新的反应和干预措施旨在降低感染率或齿轮住院的涌入,为例。此外,科学家可以研究数据来获得新的见解病毒,比如如何影响当地居民。
“我们可以用美极规模的时机和位置COVID-19感染和可视化疫苗利率之间的关联和模式,和社会脆弱性在街道层面,“卡莉·赫伯特说,博士生的晨边高地学校生物医学科学和研究报告合著者。“你能想象这多么有用数据可以从临床的角度来看。我们可以用它来追踪新兴变体,评估干预措施和确定如果一个变异表现不同,传播更快或造成更多的住院治疗。”
沃德说,美极和其背后的复杂的数据集将允许研究人员识别和观察模式接近实时的和这些模式的根源。“当我们之间需要大约一个月接收样品,当我们得到一个基因序列和相应的数据转换成美极。希望这些信息可以用于时尚应对新兴趋势或模式,”他说。
因为美极是建立在一些公开的数据集,它可能会在其他地方被复制。得到相同的特异性水平需要获得高通量测序技术以及消除识别信息临床数据。
贝丝a·麦考密克伍斯特生物医学研究基金会的椅子上,教授和副主席的微生物学和生理系统和微生物研究中心创始bob88体育平台登录主任说下面这些数据是一个独特的合作马塞诸斯州大学的陈和马塞诸斯州大学的纪念。
陈“因为马塞诸斯州大学的研究人员与临床工作密切合作伙伴马塞诸斯州大学的纪念他们的医疗保健的主要提供者马萨诸塞州中部地区,我们有一个独特的机会在公共卫生合作项目如美极,”麦考密克博士说。“这项研究的真正的力量,在我们的脑海中,是我们如何能够得到这样一个惊人的水平的细节,同时也保护病人隐私。这种情况不会发生没有科学家和健康提供者之间的密切合作。”
沃德和他的同事们继续为到达的新项目的病毒样本序列的诊所。希望,改进并简化协议集合,是提高测序的转几周或几天更好地告知公共卫生决策。
