使用沉默或近乎沉默突变的序列标签,使用CGE方法追踪具有不同基因组编辑事件的细胞系的策略。a, CGE方法使用带有两个实验变体的HDR模板库:原始基因组序列(蓝色)和期望突变(橙色)。此外,HDR模板包含序列标签,可以通过Illumina对目标位点进行测序来识别,从而实现对编辑克隆的谱系跟踪,并在每次实验中创建大量内部复制。序列标签由感兴趣区域两侧的突变核苷酸以24%的概率生成,该策略通常引入2-3个突变核苷酸(用红钻表示;扩展数据图1),保留大部分侧翼序列完整,如位置权重矩阵所示。b,使用混合HDR模板库的实验策略,其中包含相同目标的原始和突变序列。通过不同测定后的序列标签分析细胞群中每个HDR模板的丰度,并与各自的基线进行比较:细胞适应度(第8天/第2天的gDNA), TF结合(染色质免疫沉淀DNA/输入DNA)和mRNA表达(mRNA丰度/各自的gDNA)。c,从编辑的SHMT2 E-box位点的ChIP输入样本的读取计数中分析,当序列标签以24%的概率突变10个核苷酸和它们在HDR模板库中的丰度时,可能出现零(n = 1)、一个(n = 30)、两个(n = 405)和三个(n = 3240)侧翼突变的序列变异数。箱形图表示上四分位数和下四分位数的中位数读取计数,胡须延伸到四分位数范围的1.5倍。每次实验回收的序列标签数量如补充表3所示。 d, The effect of E-box mutation at the RPL23 gene promoter on fitness of HAP1 cells shown by read count ratios for mutated/original sequences for each cell lineage pair harboring identical sequence tags with one flanking mutation. Credit:自然生物技术(2022)。DOI: 10.1038 / s41587 - 022 - 01444 - 6